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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Fortran » 【求助】新手请教一段程序的疑问....【已完结】
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】新手请教一段程序的疑问....【已完结】

我的疑问是,在do i=1,natom, read (1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i),这里do 做 一个循环,我后面的输出要求是输出,x(i-1),y(i-1),z(i-1), x(i),y(i),z(i),x(i+1),y(i+1),z(i+1)这3个坐标,这样输出可以吗??

open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
                                do i=1, natom
                                        read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
                                                if (atomname .eq.'Cb') then
                                                        r2=(x(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
                                                if (r2 .LT. 0.01932) then
                                                        h2=(z(i)-2.608)**2
                                                if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then
                                                        open(20,file='aromaticco2.txt')
                                                        write(20,*)'Oa',x(i-1),y(i-1),z(i-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面和后面的一个原子的坐标。
                                                        write(20,*)'Cb',x(i),y(i),z(i)
                                                        write(20,*)'Oc',x(i+1),y(i+1),z(i+1)

[ Last edited by 波不动 on 2009-11-25 at 23:52 ]
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1楼2009-11-24 09:25:06
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by maomao1210 at 2009-11-24 17:04:
open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
          I_emuch=1
           do ...

首先,要谢谢你的回复,可是我是新手,真是么有看懂你写的,能不能给说说的你的思路好吗?很着急!!!
open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
          I_emuch=1
           do i=1, natom
          read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
           if (atomname .eq.'Cb') then
             r2=(x(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
            if (r2 .LT. 0.01932) then
             h2=(z(i)-2.608)**2
        if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then

             Index_emuch(I_emuch)=i  !这里是什么意思??index_emuch是一个数组吗?
               endif
               endif
               endif
            I_emuch=I_emuch+1
          Enddo

         Do J_emuch=1,I_emuch
        open(20,file='aromaticco2.txt')
       if(ii.gt.1)write(20,*)'Oa',x(ii-1),y(ii-1),z(ii-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面和后面的一个原子的坐标。
        write(20,*)'Cb',x(ii),y(ii),z(ii)
        write(20,*)'Oc',x(ii+1),y(ii+1),z(ii+1)  !这里的ii 是怎么得到的???     
           Enddo
          Enddo
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6楼2009-11-24 21:03:11
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tpp001

金虫 (著名写手)

我的输入文件的部分内容是这样的

我的输入文件中共有2500个构象,每一个构象由一个溶质分子(包含18个原子)和1500个CO2分子组成,我想让构象中只要CO2分子中的C原子满足某一个条件,就输出这个CO2分子中的3个原子的坐标.....

cinna-co2mix
4518
    1CIN     C1    1   3.374   3.315   3.175
    1CIN     C2    2   3.468   3.213   3.177
    1CIN     C3    3   3.422   3.082   3.177
    1CIN     C4    4   3.285   3.054   3.176
    1CIN     C5    5   3.187   3.155   3.177
    1CIN     C6    6   3.237   3.288   3.177
    1CIN     H7    7   3.410   3.418   3.174
    1CIN     H8    8   3.574   3.236   3.178
    1CIN     H9    9   3.495   3.002   3.177
    1CIN    H10   10   3.257   2.949   3.176
    1CIN    H11   11   3.171   3.373   3.180
    2CIN    C12   12   3.042   3.118   3.176
    2CIN    H13   13   3.024   3.011   3.176
    2CIN    C14   14   2.929   3.193   3.176
    2CIN    H15   15   2.928   3.339   3.177
    3CIN    C16   16   2.826   3.152   3.176
    3CIN    H17   17   2.809   3.042   3.176
    3CIN    O18   18   2.726   3.221   3.176
    4DRG     Oa   19   1.388   0.106   0.427
    4DRG     Cb   20   1.274   0.106   0.427
    4DRG     Oc   21   1.159   0.105   0.426
    5DRG     Oa   22   1.388   0.106   0.856
    5DRG     Cb   23   1.274   0.106   0.855
    5DRG     Oc   24   1.159   0.105   0.854
    6DRG     Oa   25   1.388   0.106   1.284
    6DRG     Cb   26   1.274   0.106   1.283
    6DRG     Oc   27   1.159   0.105   1.283
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7楼2009-11-24 21:16:21
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tpp001

金虫 (著名写手)

你好,谢谢你的帮忙,可是我又出问题了.

引用回帖:
Originally posted by maomao1210 at 2009-11-25 09:10:

      
       
        Implicit Real*8(A-H,O-Z)
      Character(Len=7) A_emuch
        Character(Len=2) B_emuch
        Dimension Index_emuch(1500),X(1500),
     +Y(1500),Z(1500),Inemuch(800)
        open(1,file='benz-22.g ...

谢谢你帮忙,根据你的提示,我把我的程序给改了一下,compile没有错误,但是execute program时,就不能运行,望帮我看看哪里有问题

program getdistance
implicit none
integer istep,nstep !构象的个数
integer natom !每个构象中原子的总数
character*80 sysname,molname,atomname !体系的名字，分子的名字，原子的名字
integer i,p,q,r,atomindex(500) !定义了一个存编号的数组
integer index !原子序号
real x(4514),y(4514),z(4514) !原子坐标
real xbox,ybox,zbox !盒子的大小
real j,k,m,n,sum
nstep=2500 !共有2500个构象
open(20,file='co2ben.txt',status='unknown') !打开一个输出文件
open(1,file='benz-7.gro',status='unknown') !打开co2.gro文件，并读取
do istep=1, nstep
p=0
read(1,*) sysname
read(1,*) natom

do i=1,natom
read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
if (atomname .eq.'Cb') then !原子的名字atomname 为Cb的原子的坐标满足与空间中一点（2.615，2.572，2.601）的距离小于4
j=abs(x(i)-3.019)**2
k=abs(y(i)-3.426)**2
m=abs(z(i)-3.129)**2
n=j+k+m
sum=sqrt(n)
if (sum < 0.56) then
p=p+1
atomindex(p)=i
end if
end if
enddo

do q=1,p
r=atomindex(p)
write(20,*)'Oa',x(r-1),y(r-1),z(r-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面的一个原子的坐标。
write(20,*)'Cb',x(r),y(r),z(r)
write(20,*)'Oc',x(r+1),y(r+1),z(r+1)
read(1,*) xbox,ybox,zbox !读入盒子的大小
enddo
enddo
close(1)
end
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9楼2009-11-25 11:08:08
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tpp001

金虫 (著名写手)
我自己感觉可能是定义数组integer atomindex(500),这里出了问题,因为我不知道这个数组的大小,我就自己定义了一个大小为500的数组,这个数组是用来存储每一个构想中 符合条件的原子的序号的,大小肯定够用.我不知道这样行不行.请大家帮忙呀.....................
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10楼2009-11-25 17:28:54
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by journalemu at 2009-11-25 19:21:

太长了，执行的时候报什么错呀？可否截图看看？

附件就是出错截图
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12楼2009-11-25 19:44:03
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tpp001

金虫 (著名写手)
通过设个断点,发现就是在最后这块出现问题了,不知道,应该怎么解决呢?
do q=1,p
r=atomindex(q)
write(20,*)'Oc',x(r-1),y(r-1),z(r-1)
write(20,*)'Oc',x(r),y(r),z(r)
write(20,*)'Oc',x(r+1),y(r+1),z(r+1)!输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面的一个原子的坐标
enddo
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14楼2009-11-25 21:50:17
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by nono2009 at 2009-11-25 22:25:
输入文件中的数据少了、或者read的过多了。

我贴一个小一点的输入文件的格式
Generated by trjconv : Pure Mix - Yummie! (and some water) t= 1500.00000 !!这是体系的名字sysname
   14 !!这是体系的原子个数
    1BEN     C1    1   3.265   3.036   3.125
    1BEN     C2    2   3.170   2.942   3.118
    1BEN     C3    3   3.038   2.983   3.131
    1BEN     C4    4   3.006   3.118   3.139
    1BEN     C5    5   3.106   3.216   3.143
    1BEN     C6    6   3.238   3.173   3.129
    1BEN     H7    7   3.368   3.000   3.126
    1BEN     H8    8   3.197   2.836   3.111
    1BEN     H9    9   2.957   2.912   3.141
    1BEN    H10   10   2.902   3.146   3.143
    1BEN    H11   11   3.317   3.247   3.126
    1BEN    C12   12   3.083   3.361   3.139
    1BEN    O13   13   2.979   3.418   3.111
    1BEN    H14   14   3.171   3.424   3.162
   6.25808   6.25808   6.25808 !!这是盒子的大小
Generated by trjconv : Pure Mix - Yummie! (and some water) t= 1500.19995
   14
    1BEN     C1    1   3.267   3.036   3.135
    1BEN     C2    2   3.173   2.940   3.131
    1BEN     C3    3   3.041   2.983   3.130
    1BEN     C4    4   3.004   3.117   3.124
    1BEN     C5    5   3.105   3.213   3.125
    1BEN     C6    6   3.237   3.172   3.135
    1BEN     H7    7   3.371   3.009   3.124
    1BEN     H8    8   3.196   2.836   3.109
    1BEN     H9    9   2.957   2.914   3.123
    1BEN    H10   10   2.904   3.152   3.101
    1BEN    H11   11   3.324   3.237   3.147
    1BEN    C12   12   3.074   3.358   3.109
    1BEN    O13   13   2.983   3.427   3.147
    1BEN    H14   14   3.161   3.406   3.059
   6.25808   6.25808   6.25808
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17楼2009-11-25 22:40:21
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tpp001

金虫 (著名写手)
哈哈,的确是"read(1,*) xbox,ybox,zbox !读入盒子的大小" 这个的位置问题..
但是我还是很奇怪,为什么这个位置要放在下面程序的红色这个位置才行,而放在兰色这个位置就不行呢???
全程序如下...

program getdistance
implicit none
integer istep,nstep !构象的个数
integer natom !每个构象中原子的总数
character*80 sysname,molname,atomname !体系的名字，分子的名字，原子的名字
integer i,p,q,r,atomindex(500) !定义了一个存编号的数组
integer index !原子序号
real x(4514),y(4514),z(4514) !原子坐标
real xbox,ybox,zbox !盒子的大小
real j,k,m,n,sum
nstep=2500 !共有2500个构象
open(20,file='co2ben.txt',status='unknown') !打开一个输出文件
open(1,file='benz-7.gro',status='unknown') !打开co2.gro文件，并读取
do istep=1, nstep
p=0
read(1,*) sysname
read(1,*) natom

do i=1,natom
read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
if (atomname .eq.'Cb') then !原子的名字atomname 为Cb的原子的坐标满足与空间中一点（2.615，2.572，2.601）的距离小于4
j=abs(x(i)-3.019)**2
k=abs(y(i)-3.426)**2
m=abs(z(i)-3.129)**2
n=j+k+m
sum=sqrt(n)
if (sum < 0.56) then
p=p+1
atomindex(p)=i
end if
end if
enddo
read(1,*) xbox,ybox,zbox !读入盒子的大小do q=1,p
r=atomindex(p)
write(20,*)'Oa',x(r-1),y(r-1),z(r-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面的一个原子的坐标。
write(20,*)'Cb',x(r),y(r),z(r)
write(20,*)'Oc',x(r+1),y(r+1),z(r+1)
read(1,*) xbox,ybox,zbox !读入盒子的大小
enddo
enddo
close(1)
end
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19楼2009-11-25 22:53:06
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tpp001

金虫 (著名写手)
★
余泽成(金币+0,VIP+0):已经完成求助？可以结帖了吗？ 11-25 23:31
波不动(金币+1,VIP+0):我来结了吧，欢迎继续多来程序版交流！ 11-25 23:56
引用回帖:
Originally posted by nono2009 at 2009-11-25 22:51:
Before[box=white]
do q=1,p
r=atomindex(p)
write(20,*)'Oa',x(r-1),y(r-1),z(r-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面的一个原子的坐标。
write(20,*)'Cb',x(r),y(r),z(r)
w ...

的确是这个位置的问题,哎,这个问题搞了我一天.谢谢maomao1210 ,nono2009   
,谢谢大家的帮忙!
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22楼2009-11-25 22:59:38
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