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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Fortran » 【求助】新手请教一段程序的疑问....【已完结】
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】新手请教一段程序的疑问....【已完结】

我的疑问是,在do i=1,natom, read (1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i),这里do 做 一个循环,我后面的输出要求是输出,x(i-1),y(i-1),z(i-1), x(i),y(i),z(i),x(i+1),y(i+1),z(i+1)这3个坐标,这样输出可以吗??

open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
                                do i=1, natom
                                        read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
                                                if (atomname .eq.'Cb') then
                                                        r2=(x(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
                                                if (r2 .LT. 0.01932) then
                                                        h2=(z(i)-2.608)**2
                                                if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then
                                                        open(20,file='aromaticco2.txt')
                                                        write(20,*)'Oa',x(i-1),y(i-1),z(i-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面和后面的一个原子的坐标。
                                                        write(20,*)'Cb',x(i),y(i),z(i)
                                                        write(20,*)'Oc',x(i+1),y(i+1),z(i+1)

[ Last edited by 波不动 on 2009-11-25 at 23:52 ]
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1楼 2009-11-24 09:25:06
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jjdg

版主 (知名作家)

优秀版主
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2楼2009-11-24 12:43:59
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maomao1210

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
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Originally posted by tpp001 at 2009-11-24 09:25:
我的疑问是,在do i=1,natom, read (1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i),这里do 做 一个循环,我后面的输出要求是输出,x(i-1),y(i-1),z(i-1), x(i),y(i),z(i),x(i+1),y(i+1),z(i+1)这3个坐标,这样输出可以 ...

很显然不行，i=1的时候，你仅仅读入了对应第一个原子的信息，何来i=2？。
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3楼2009-11-24 16:49:36
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maomao1210

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
          I_emuch=1
           do i=1, natom
          read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
           if (atomname .eq.'Cb') then
             r2=(x(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
            if (r2 .LT. 0.01932) then
             h2=(z(i)-2.608)**2
        if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then

             Index_emuch(I_emuch)=i
               endif
               endif
               endif
            I_emuch=I_emuch+1
          Enddo

         Do J_emuch=1,I_emuch
        open(20,file='aromaticco2.txt')
       if(ii.gt.1)write(20,*)'Oa',x(ii-1),y(ii-1),z(ii-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面和后面的一个原子的坐标。
        write(20,*)'Cb',x(ii),y(ii),z(ii)
        write(20,*)'Oc',x(ii+1),y(ii+1),z(ii+1)        
           Enddo
          Enddo
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4楼2009-11-24 17:04:49
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maomao1210

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
senlia(金币+6,VIP+0):辛苦！ 11-24 18:18
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2009-11-24 09:25:
我的疑问是,在do i=1,natom, read (1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i),这里do 做 一个循环,我后面的输出要求是输出,x(i-1),y(i-1),z(i-1), x(i),y(i),z(i),x(i+1),y(i+1),z(i+1)这3个坐标,这样输出可以 ...

看你的样子，是要分类空间中的原子，仿照你的思路，给你写了一个，你可以参考一下。。。
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5楼2009-11-24 17:06:02
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tpp001

金虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by maomao1210 at 2009-11-24 17:04:
open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
          I_emuch=1
           do ...

首先,要谢谢你的回复,可是我是新手,真是么有看懂你写的,能不能给说说的你的思路好吗?很着急!!!
open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
          I_emuch=1
           do i=1, natom
          read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
           if (atomname .eq.'Cb') then
             r2=(x(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
            if (r2 .LT. 0.01932) then
             h2=(z(i)-2.608)**2
        if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then

             Index_emuch(I_emuch)=i  !这里是什么意思??index_emuch是一个数组吗?
               endif
               endif
               endif
            I_emuch=I_emuch+1
          Enddo

         Do J_emuch=1,I_emuch
        open(20,file='aromaticco2.txt')
       if(ii.gt.1)write(20,*)'Oa',x(ii-1),y(ii-1),z(ii-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面和后面的一个原子的坐标。
        write(20,*)'Cb',x(ii),y(ii),z(ii)
        write(20,*)'Oc',x(ii+1),y(ii+1),z(ii+1)  !这里的ii 是怎么得到的???     
           Enddo
          Enddo
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6楼2009-11-24 21:03:11
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tpp001

金虫 (著名写手)

我的输入文件的部分内容是这样的

我的输入文件中共有2500个构象,每一个构象由一个溶质分子(包含18个原子)和1500个CO2分子组成,我想让构象中只要CO2分子中的C原子满足某一个条件,就输出这个CO2分子中的3个原子的坐标.....

cinna-co2mix
4518
    1CIN     C1    1   3.374   3.315   3.175
    1CIN     C2    2   3.468   3.213   3.177
    1CIN     C3    3   3.422   3.082   3.177
    1CIN     C4    4   3.285   3.054   3.176
    1CIN     C5    5   3.187   3.155   3.177
    1CIN     C6    6   3.237   3.288   3.177
    1CIN     H7    7   3.410   3.418   3.174
    1CIN     H8    8   3.574   3.236   3.178
    1CIN     H9    9   3.495   3.002   3.177
    1CIN    H10   10   3.257   2.949   3.176
    1CIN    H11   11   3.171   3.373   3.180
    2CIN    C12   12   3.042   3.118   3.176
    2CIN    H13   13   3.024   3.011   3.176
    2CIN    C14   14   2.929   3.193   3.176
    2CIN    H15   15   2.928   3.339   3.177
    3CIN    C16   16   2.826   3.152   3.176
    3CIN    H17   17   2.809   3.042   3.176
    3CIN    O18   18   2.726   3.221   3.176
    4DRG     Oa   19   1.388   0.106   0.427
    4DRG     Cb   20   1.274   0.106   0.427
    4DRG     Oc   21   1.159   0.105   0.426
    5DRG     Oa   22   1.388   0.106   0.856
    5DRG     Cb   23   1.274   0.106   0.855
    5DRG     Oc   24   1.159   0.105   0.854
    6DRG     Oa   25   1.388   0.106   1.284
    6DRG     Cb   26   1.274   0.106   1.283
    6DRG     Oc   27   1.159   0.105   1.283
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7楼2009-11-24 21:16:21
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maomao1210

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
余泽成(金币+1,VIP+0):辛苦了！ 11-25 09:12
nono2009(金币+1,VIP+0):Thanks for adding "emuch". :cool: 11-25 10:13
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2009-11-24 21:16:
我的输入文件中共有2500个构象,每一个构象由一个溶质分子(包含18个原子)和1500个CO2分子组成,我想让构象中只要CO2分子中的C原子满足某一个条件,就输出这个CO2分子中的3个原子的坐标.....

cinna-co2mix
4518
...

Implicit Real*8(A-H,O-Z)
      Character(Len=7) A_emuch
        Character(Len=2) B_emuch
        Dimension Index_emuch(1500),X(1500),
     +Y(1500),Z(1500),Inemuch(800)
        open(1,file='benz-22.gro',status='unknown')
        open(2,file='emuch.out',status='unknown')       
        Do I=1,20
        Read(1,*)
        EndDo

       
        I_emuch=1
        J_emuch=0       
        Do While (.Not.Eof(1))

       
        Read(1,*) A_emuch,Bemuch,Index_emuch(I_emuch),X(I_emuch)
     +,Y(I_emuch),Z(I_emuch)
      
        If(Mod(I_emuch,2).Eq.0) Then
       
       
          R2=(X(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
            if (r2 .LT. 0.01932) then
             h2=(z(i)-2.608)**2
        if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then
          J_emuch=J_emuch+1

        Inemuch(J_emuch)=I_emuch


          endif
          endif
        EndIf

        I_emuch=I_emuch+1
        EndDo


           Do Ij=1,J_emuch
             I=Inemuch(Ij)

                  Write(2,*)Index_emuch(I-1),X(I-1)
     +,Y(I-1),Z(I-1)
          Write(2,*)Index_emuch(I),X(I)
     +,Y(I),Z(I)
        Write(2,*)Index_emuch(I+1),X(I+1)
     +,Y(I+1),Z(I+1)
          Enddo
       
          
       End
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8楼2009-11-25 09:10:59
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tpp001

金虫 (著名写手)

你好,谢谢你的帮忙,可是我又出问题了.

引用回帖:
Originally posted by maomao1210 at 2009-11-25 09:10:

      
       
        Implicit Real*8(A-H,O-Z)
      Character(Len=7) A_emuch
        Character(Len=2) B_emuch
        Dimension Index_emuch(1500),X(1500),
     +Y(1500),Z(1500),Inemuch(800)
        open(1,file='benz-22.g ...

谢谢你帮忙,根据你的提示,我把我的程序给改了一下,compile没有错误,但是execute program时,就不能运行,望帮我看看哪里有问题

program getdistance
implicit none
integer istep,nstep !构象的个数
integer natom !每个构象中原子的总数
character*80 sysname,molname,atomname !体系的名字，分子的名字，原子的名字
integer i,p,q,r,atomindex(500) !定义了一个存编号的数组
integer index !原子序号
real x(4514),y(4514),z(4514) !原子坐标
real xbox,ybox,zbox !盒子的大小
real j,k,m,n,sum
nstep=2500 !共有2500个构象
open(20,file='co2ben.txt',status='unknown') !打开一个输出文件
open(1,file='benz-7.gro',status='unknown') !打开co2.gro文件，并读取
do istep=1, nstep
p=0
read(1,*) sysname
read(1,*) natom

do i=1,natom
read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
if (atomname .eq.'Cb') then !原子的名字atomname 为Cb的原子的坐标满足与空间中一点（2.615，2.572，2.601）的距离小于4
j=abs(x(i)-3.019)**2
k=abs(y(i)-3.426)**2
m=abs(z(i)-3.129)**2
n=j+k+m
sum=sqrt(n)
if (sum < 0.56) then
p=p+1
atomindex(p)=i
end if
end if
enddo

do q=1,p
r=atomindex(p)
write(20,*)'Oa',x(r-1),y(r-1),z(r-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面的一个原子的坐标。
write(20,*)'Cb',x(r),y(r),z(r)
write(20,*)'Oc',x(r+1),y(r+1),z(r+1)
read(1,*) xbox,ybox,zbox !读入盒子的大小
enddo
enddo
close(1)
end
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9楼2009-11-25 11:08:08
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tpp001

金虫 (著名写手)
我自己感觉可能是定义数组integer atomindex(500),这里出了问题,因为我不知道这个数组的大小,我就自己定义了一个大小为500的数组,这个数组是用来存储每一个构想中 符合条件的原子的序号的,大小肯定够用.我不知道这样行不行.请大家帮忙呀.....................
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10楼2009-11-25 17:28:54
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