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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 程序语言 » Fortran » 【求助】新手请教一段程序的疑问....【已完结】
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tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】新手请教一段程序的疑问....【已完结】

我的疑问是,在do i=1,natom, read (1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i),这里do 做 一个循环,我后面的输出要求是输出,x(i-1),y(i-1),z(i-1), x(i),y(i),z(i),x(i+1),y(i+1),z(i+1)这3个坐标,这样输出可以吗??

open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
                                do i=1, natom
                                        read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
                                                if (atomname .eq.'Cb') then
                                                        r2=(x(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
                                                if (r2 .LT. 0.01932) then
                                                        h2=(z(i)-2.608)**2
                                                if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then
                                                        open(20,file='aromaticco2.txt')
                                                        write(20,*)'Oa',x(i-1),y(i-1),z(i-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面和后面的一个原子的坐标。
                                                        write(20,*)'Cb',x(i),y(i),z(i)
                                                        write(20,*)'Oc',x(i+1),y(i+1),z(i+1)

[ Last edited by 波不动 on 2009-11-25 at 23:52 ]
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
1楼 2009-11-24 09:25:06
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tpp001

金虫 (著名写手)

我的输入文件的部分内容是这样的

我的输入文件中共有2500个构象,每一个构象由一个溶质分子(包含18个原子)和1500个CO2分子组成,我想让构象中只要CO2分子中的C原子满足某一个条件,就输出这个CO2分子中的3个原子的坐标.....

cinna-co2mix
4518
    1CIN     C1    1   3.374   3.315   3.175
    1CIN     C2    2   3.468   3.213   3.177
    1CIN     C3    3   3.422   3.082   3.177
    1CIN     C4    4   3.285   3.054   3.176
    1CIN     C5    5   3.187   3.155   3.177
    1CIN     C6    6   3.237   3.288   3.177
    1CIN     H7    7   3.410   3.418   3.174
    1CIN     H8    8   3.574   3.236   3.178
    1CIN     H9    9   3.495   3.002   3.177
    1CIN    H10   10   3.257   2.949   3.176
    1CIN    H11   11   3.171   3.373   3.180
    2CIN    C12   12   3.042   3.118   3.176
    2CIN    H13   13   3.024   3.011   3.176
    2CIN    C14   14   2.929   3.193   3.176
    2CIN    H15   15   2.928   3.339   3.177
    3CIN    C16   16   2.826   3.152   3.176
    3CIN    H17   17   2.809   3.042   3.176
    3CIN    O18   18   2.726   3.221   3.176
    4DRG     Oa   19   1.388   0.106   0.427
    4DRG     Cb   20   1.274   0.106   0.427
    4DRG     Oc   21   1.159   0.105   0.426
    5DRG     Oa   22   1.388   0.106   0.856
    5DRG     Cb   23   1.274   0.106   0.855
    5DRG     Oc   24   1.159   0.105   0.854
    6DRG     Oa   25   1.388   0.106   1.284
    6DRG     Cb   26   1.274   0.106   1.283
    6DRG     Oc   27   1.159   0.105   1.283
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
7楼2009-11-24 21:16:21
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jjdg

版主 (知名作家)

优秀版主
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你可以到http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1359058&page=6&fpage=1里面跟帖提问！
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2楼2009-11-24 12:43:59
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maomao1210

金虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by tpp001 at 2009-11-24 09:25:
我的疑问是,在do i=1,natom, read (1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i),这里do 做 一个循环,我后面的输出要求是输出,x(i-1),y(i-1),z(i-1), x(i),y(i),z(i),x(i+1),y(i+1),z(i+1)这3个坐标,这样输出可以 ...

很显然不行，i=1的时候，你仅仅读入了对应第一个原子的信息，何来i=2？。
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3楼2009-11-24 16:49:36
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maomao1210

金虫 (正式写手)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
open(1,file='benz-22.gro',status='unknown') !打开benz-co2.gro文件，并读取
        do istep=1, nstep
                read(1,*) sysname
                read(1,*) natom
          I_emuch=1
           do i=1, natom
          read(1,*) molname,atomname,index,x(i),y(i),z(i)
           if (atomname .eq.'Cb') then
             r2=(x(i)-2.623)**2+(y(i)-2.554)**2
            if (r2 .LT. 0.01932) then
             h2=(z(i)-2.608)**2
        if (h2 .LT. 0.5776 .AND. z(i) .NE. 2.608) then

             Index_emuch(I_emuch)=i
               endif
               endif
               endif
            I_emuch=I_emuch+1
          Enddo

         Do J_emuch=1,I_emuch
        open(20,file='aromaticco2.txt')
       if(ii.gt.1)write(20,*)'Oa',x(ii-1),y(ii-1),z(ii-1) !输出这个Cb原子的坐标和Cb编号的前面和后面的一个原子的坐标。
        write(20,*)'Cb',x(ii),y(ii),z(ii)
        write(20,*)'Oc',x(ii+1),y(ii+1),z(ii+1)        
           Enddo
          Enddo
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4楼2009-11-24 17:04:49
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