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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用DS求溶剂可及表面面积
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feifly27

至尊木虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用DS求溶剂可及表面面积

如题所示，用DS计算某个氨基酸的溶剂可及表面积时，需要选定该氨基酸吗，还是直接计算全部氨基酸的溶剂可及表面积，两个值差距较大。
同时探针半径的单位是纳米还是埃，算出的溶剂可及表面积单位是什么？
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1楼 2009-11-23 17:00:46
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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bay__gulf(金币+10,VIP+0):鼓励交流 11-23 18:53
用过这个模块，但是没发现有单独算大分子中残基部分的SASA的功能……
貌似要自己在PP里面改一下流程才能算。
DS2.1是直接在3D窗口下加一个属性就算出来了，但算的是整个分子的；
DS2.5是要在PP里面算，那个输入的是pdb或者mol2文件，那这个推断也没有把residue单独搞。
我也想知道其他有些什么软件算SASA比较好的，我要算核酸，但是DS算核酸的SASA有bug……和工程师交流过，暂时没有解决办法

HELP文件里面有介绍单位的
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2楼2009-11-23 17:14:18
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-25 09:13
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-11-23 17:14:
我也想知道其他有些什么软件算SASA比较好的，我要算核酸，但是DS算核酸的SASA有bug……和工程师交流过，暂时没有解决办法

vmd 可以很方便地计算任意原子set 的sasa, 可惜vmd 用ds 不太兼容.
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3楼2009-11-23 18:54:27
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arthurii

木虫 (正式写手)
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-30 22:01
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-23 18:54:

vmd 可以很方便地计算任意原子set 的sasa, 可惜vmd 用ds 不太兼容.

至今依然不会如何分别选中极性和非极性set，在官网上搜到一页说这个，但是过期删除了。
请教一下该怎么弄？ 我set polar和no polar出来的结果并不是对应极性的SASA，倒是成了一个全分子选中，一个全分子不选中了。
顺便再问问，VMD的sasa对选中set的表面积计算应该不会把选中set当成完全暴露的来计算吧？
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4楼2009-11-23 20:51:30
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-25 09:13
vmd 的selection 的single words 有hydrophobic 和polar 可以根据极性选择, 有surface 和buried 两个可以根据表面选择.
比如选择表面的疏水基团,可以
set  sel  [atomselect  top  "hydrophobic  and  surface"]
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5楼2009-11-23 21:10:57
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-30 22:02
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2009-11-23 21:10:
vmd 的selection 的single words 有hydrophobic 和polar 可以根据极性选择, 有surface 和buried 两个可以根据表面选择.
比如选择表面的疏水基团,可以
set  sel  [atomselect  top  "hydrophobic  and  sur ...

我之前也是用的这个，不过没加surface，算出来就是没真的选中……很古怪。
等下去加个and surface看看……
谢谢~！
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6楼2009-11-25 00:20:50
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lsmmaomao

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问要怎么用VMD算ASA啊？？非常着急！！请帮帮我！！
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7楼2011-08-24 18:00:06
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