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feifly27

至尊木虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】用DS求溶剂可及表面面积

如题所示,用DS计算某个氨基酸的溶剂可及表面积时,需要选定该氨基酸吗,还是直接计算全部氨基酸的溶剂可及表面积,两个值差距较大。
同时探针半径的单位是纳米还是埃,算出的溶剂可及表面积单位是什么?
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州


yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-25 09:13
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2009-11-23 17:14:
我也想知道其他有些什么软件算SASA比较好的,我要算核酸,但是DS算核酸的SASA有bug……和工程师交流过,暂时没有解决办法

vmd 可以很方便地计算任意原子set 的sasa, 可惜vmd 用ds 不太兼容.
3楼2009-11-23 18:54:27
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 11-25 09:13
vmd 的selection 的single words 有hydrophobic 和polar 可以根据极性选择, 有surface 和buried 两个可以根据表面选择.
比如选择表面的疏水基团,可以
set  sel  [atomselect  top  "hydrophobic  and  surface"]
5楼2009-11-23 21:10:57
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