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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 做定量PCR为什么要提RNA而不是DNA
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jjmm2009

[交流] 做定量PCR为什么要提RNA而不是DNA

有个很菜鸟的问题，定量也做了很久了，突然想到一个问题，为什么做定量PCR的时候要提取样本的RNA而不是DNA呢，请各位高手不吝赐教，非常感谢

还有一个，设计荧光定量PCR引物的时候我们都是跨内含子的，主要是怕DNA污染，那如果我的RNA提取之后用DNase I 处理过了，引物设计还一定要跨内含子吗？
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1楼 2009-11-12 20:11:09
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iaminxanadu

木虫 (正式写手)
★
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一般作定量PCR的目的是看不同时间空间某个基因“活动”，一般而言就是在一个内参下看某种mRNA的丰度，所以。。。。

也可以用DNA，一般来做基因拷贝数的估算
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2楼2009-11-12 20:53:31
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Entrez1110

定量PCR一般对某基因的mRNA表达水平定量，因为mRNA是合成蛋白的模板，蛋白质是机体生命活动执行者。基因组没有定量的意义（目前想不出有啥意义）。

跨内含子确实是防止DNA污染，虽说DNaseI可以去除DNA，但也不是100%的，加多一道防锁总没错，况且DNaseI去除DNA过程也存在人为因素，会损耗一些RNA。
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3楼2009-11-12 20:59:44
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Entrez1110

★
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基因拷贝数用这种方法去判断？请高手赐教！
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4楼2009-11-12 21:02:05
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jjmm2009

引用回帖:
Originally posted by Entrez1110 at 2009-11-12 21:02:
基因拷贝数用这种方法去判断？请高手赐教！

是啊，这个我也没听过，请解释下，谢谢
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5楼2009-11-12 21:14:01
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jjmm2009

再问一个

请问各位高手，用DNAStar里的MegAlign进行序列比较时，可否直接将NCBI上查到的近缘的Gene序列和mRNA序列进行比对查找内含子，认为相同部分是外显子，有的相同的部分很短，只有几bp，也是一个外显子吗，谢谢
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6楼2009-11-12 21:16:00
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Entrez1110

去Ensembl网站看看，哪里有标明内含子及外显子序列的。
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7楼2009-11-12 21:23:38
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Entrez1110

http://www.ensembl.org/index.html
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8楼2009-11-12 21:24:09
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quiller2000

木虫 (著名写手)
real-time PCR 所检测的就是拷贝数，是底物（DNA,CDNA）的拷贝数
最开始这个技术的先行者是把EB加在PCR体系中，然后每两个循环取样定量来做的
现在有了激光和染料，做实时定量就更准确了
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致良知
9楼2009-11-12 21:28:48
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mcl49510

铜虫 (小有名气)
★
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定量PCR是检测表达程度的技术，可以直观的检测出一个基因在感兴趣的部位有无表达，表达的强度，要是抽提DNA则不能检测，因为DNA在所有的组织中都存在，是不能反映所研究的问题的，
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10楼2009-11-14 10:03:40
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