24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 719  |  回复: 8
当前主题已经存档。

zier1011

木虫 (著名写手)

[交流] PCR法检测微生物

问下下,通过PCR检测微生物16sRNA的方法,能不能检测到种呢?原理就是检测碱基含量吗?会不会有微生物的16sRNA的碱基含量相似,跑胶看不出来呢?
鄙人对这一块知道甚少,希望大家踊跃发言

看了大家的回复,追加如下问题:
诸位,谢谢大家的回复
鄙人并不是要确定所得菌株是否新种,而是想了解一下,通过鉴定16sRNA的碱基比例,能否检测微生物种的不同?
即使只能到属,也可以,关键是这种方法是否可行?这种原理有没有科学根据?

[ Last edited by zier1011 on 2009-11-10 at 15:06 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

花还香香的
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fykxy_206

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1949stone(金币+3,VIP+0):很详细 谢谢 11-5 19:47
PCR检测微生物的16S应该精确不到种,只能在属种,就是你检测的菌株大概是什么属。要精确到种的话还要做相应的生理生化实验。检测的原理不是你所说的检测碱基的含量,而是检测16SRNA的碱基的序列,就是你PCR后送去测序,结果在NCBI中的BLAST比对,从而确定是什么属。
2楼2009-11-05 16:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2009-11-5 16:43:
PCR检测微生物的16S应该精确不到种,只能在属种,就是你检测的菌株大概是什么属。要精确到种的话还要做相应的生理生化实验。检测的原理不是你所说的检测碱基的含量,而是检测16SRNA的碱基的序列,就是你PCR后送去 ...

有的文献上也说过当16SRNA相似程度大于98%时可以认为是同种。
3楼2009-11-05 23:29:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fykxy_206

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhuifeng7000 at 2009-11-5 23:29:

有的文献上也说过当16SRNA相似程度大于98%时可以认为是同种。

有吗?我们老师没有这样说,我们99%都不敢说是同种呢。
4楼2009-11-06 09:41:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zier1011

木虫 (著名写手)

那么诸位,检测16sRNA碱基的比例,能否区分不同微生物呢,不同的菌,16sRNA序列应该不同的吧,但我不敢说各种碱基占得百分比相同就一定是同一种菌,是这样的吧
花还香香的
5楼2009-11-06 15:16:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leonn

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
16SPCR扩增后可以直接去测序 然后在pubMed上序列比对一下 大概可以看出你的菌和一些已经测序的菌的相似性 可以鉴定到属内的水平 至于同一种菌的定论还要做其他的实验来确定 比如再做IGS(ITS) 可以鉴定到种的水平
6楼2009-11-08 21:37:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wish0310

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
经过16sdna测序后,可通过做进化树基本判定是什么属,因为进化过程中,16s是相对保守的序列,同种生物变化很少。但具体是什么种需要做进一步鉴定。
7楼2009-11-09 22:46:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biocontrol

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
个人觉的,16s 还不能到种,一般来说,如果在GENBANK上相似在95以上,说明你不是新种,不是新种,就没有什么重大意义。没有必要再定到种了。
如果相似率低,说明可能是新种。如果有价值可以测生理生化指标,主要脂肪酸之类的,然后就可以定种了。楼上说的IGS和ITS都是对真菌而言。
裸奔进行时...
8楼2009-11-10 06:11:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mada1986

木虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
小弟最近也在做菌种鉴定这一块的实验,16sRNA基本上能确定到属,再跟相似性高的菌的标准株进行生理生化实验的比对,才能差不多到种,不过就算自己做出来是新种,也要再送到权威机构去确认一下的
9楼2009-11-10 13:57:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zier1011 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +9 否极泰来2026 2026-04-15 11/550 2026-04-17 11:08 by liuzhexuan12
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 5/250 2026-04-17 10:02 by bobvan
[考研] 恳请有学校收留 +8 柯淮然 2026-04-12 8/400 2026-04-17 09:34 by 猪会飞
[考研] 294求调剂 +14 淡然654321 2026-04-15 14/700 2026-04-16 21:01 by lpl364211
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 322求调剂 +8 123安康 2026-04-12 15/750 2026-04-16 11:07 by Espannnnnol
[考研] 药学求调剂 +14 喽哈加油 2026-04-14 16/800 2026-04-16 10:15 by beilsong20
[考研] 求助调剂,跨调 +19 X十甫寸Y 2026-04-11 20/1000 2026-04-15 21:18 by cuisz
[考研] 药学305求调剂 +7 玛卡巴卡boom 2026-04-11 7/350 2026-04-15 13:21 by 西北望—风沙
[考研] 化工学硕294分,求导师收留 +32 yzyzx 2026-04-12 36/1800 2026-04-14 17:45 by lhj2009
[教师之家] 转长聘了 +7 简单化xn 2026-04-13 7/350 2026-04-14 14:50 by xindong
[考研] 085408光电信息工程专硕355一志愿长春光机所调剂 +6 王ymaa 2026-04-13 13/650 2026-04-14 11:33 by 王ymaa
[考研] 300分求调剂 (085501机械专硕,本科扬大) +9 xu@841019 2026-04-11 10/500 2026-04-14 08:48 by 木木mumu~
[考研] 考研求调剂 +12 子木呐 2026-04-12 13/650 2026-04-14 01:19 by 王珺璞
[考研] B区0809 ,数一英一,290 求调剂 +3 泠潍1111 2026-04-12 4/200 2026-04-13 20:35 by 学员JpLReM
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[考研] 农学0904 312求调剂 +6 Say Never 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:33 by wwj2530616
[考研] 一志愿985机械学硕380求调剂 +5 关关雎鸠10 2026-04-11 5/250 2026-04-11 10:10 by 知念。A
[考研] 281求调剂 +11 觉得好的吧 2026-04-10 11/550 2026-04-11 09:35 by 逆水乘风
信息提示
请填处理意见