应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » PCR法检测微生物
91/1返回列表
查看: 757  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

zier1011

木虫 (著名写手)

[交流] PCR法检测微生物

问下下，通过PCR检测微生物16sRNA的方法，能不能检测到种呢？原理就是检测碱基含量吗？会不会有微生物的16sRNA的碱基含量相似，跑胶看不出来呢？
鄙人对这一块知道甚少，希望大家踊跃发言

看了大家的回复，追加如下问题：
诸位，谢谢大家的回复
鄙人并不是要确定所得菌株是否新种，而是想了解一下，通过鉴定16sRNA的碱基比例，能否检测微生物种的不同？
即使只能到属，也可以，关键是这种方法是否可行？这种原理有没有科学根据？

[ Last edited by zier1011 on 2009-11-10 at 15:06 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
花还香香的
1楼 2009-11-05 16:36:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fykxy_206

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
1949stone(金币+3,VIP+0):很详细 谢谢 11-5 19:47
PCR检测微生物的16S应该精确不到种，只能在属种，就是你检测的菌株大概是什么属。要精确到种的话还要做相应的生理生化实验。检测的原理不是你所说的检测碱基的含量，而是检测16SRNA的碱基的序列，就是你PCR后送去测序，结果在NCBI中的BLAST比对，从而确定是什么属。
赞一下(7人) 回复此楼
2楼2009-11-05 16:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2009-11-5 16:43:
PCR检测微生物的16S应该精确不到种，只能在属种，就是你检测的菌株大概是什么属。要精确到种的话还要做相应的生理生化实验。检测的原理不是你所说的检测碱基的含量，而是检测16SRNA的碱基的序列，就是你PCR后送去 ...

有的文献上也说过当16SRNA相似程度大于98%时可以认为是同种。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2009-11-05 23:29:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fykxy_206

木虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by zhuifeng7000 at 2009-11-5 23:29:

有的文献上也说过当16SRNA相似程度大于98%时可以认为是同种。

有吗？我们老师没有这样说，我们99%都不敢说是同种呢。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2009-11-06 09:41:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zier1011

木虫 (著名写手)
那么诸位，检测16sRNA碱基的比例，能否区分不同微生物呢，不同的菌，16sRNA序列应该不同的吧，但我不敢说各种碱基占得百分比相同就一定是同一种菌，是这样的吧
赞一下 回复此楼
花还香香的
5楼2009-11-06 15:16:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

leonn

铁杆木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
16SPCR扩增后可以直接去测序 然后在pubMed上序列比对一下 大概可以看出你的菌和一些已经测序的菌的相似性 可以鉴定到属内的水平 至于同一种菌的定论还要做其他的实验来确定 比如再做IGS（ITS） 可以鉴定到种的水平
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2009-11-08 21:37:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wish0310

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
经过16sdna测序后，可通过做进化树基本判定是什么属，因为进化过程中，16s是相对保守的序列，同种生物变化很少。但具体是什么种需要做进一步鉴定。
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2009-11-09 22:46:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

biocontrol

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
个人觉的，16s 还不能到种，一般来说，如果在GENBANK上相似在95以上，说明你不是新种，不是新种，就没有什么重大意义。没有必要再定到种了。
如果相似率低，说明可能是新种。如果有价值可以测生理生化指标，主要脂肪酸之类的，然后就可以定种了。楼上说的IGS和ITS都是对真菌而言。
赞一下(1人) 回复此楼
裸奔进行时...
8楼2009-11-10 06:11:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mada1986

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
小弟最近也在做菌种鉴定这一块的实验，16sRNA基本上能确定到属，再跟相似性高的菌的标准株进行生理生化实验的比对，才能差不多到种，不过就算自己做出来是新种，也要再送到权威机构去确认一下的
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2009-11-10 13:57:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zier1011 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.5.5.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 pmo95bazuy 2026-05-23 7/350 2026-05-24 06:35 by fpo5ljpv91
[考博] 26/27申博自荐 10+4 ZXW0202 2026-05-22 7/350 2026-05-23 23:01 by L135790
[基金申请] 河北省自然科学基金 +5 Peterchao 2026-05-18 7/350 2026-05-23 16:57 by articlefan
[基金申请] 揭秘青基评审内幕：几个A才能顺利中标 +3 国自然国社科中 2026-05-23 4/200 2026-05-23 15:37 by 2000zf36392
[基金申请] 青B发送上会通知了吗 +5 chemBioBro 2026-05-22 7/350 2026-05-23 12:35 by zhuifengzhy
[考博] 博士申请 +3 焦晓明 2026-05-21 3/150 2026-05-23 11:26 by mlc840311
[教师之家] 某211大学教师把个人教师官方主页改成:我跑了我跑了我跑了!官宣跑路！ +3 zju2000 2026-05-21 4/200 2026-05-23 08:33 by xli1984
[基金申请] 今年审到国自然15份，谈谈感受 +27 国自然国社科中 2026-05-17 28/1400 2026-05-22 16:25 by hunter无悔
[论文投稿] 投稿求助，期刊 +4 希冀，有书读 2026-05-20 8/400 2026-05-22 10:16 by 希冀，有书读
[文学芳草园] 献血感触 +7 呀呀好傻 2026-05-19 13/650 2026-05-21 20:15 by 呀呀好傻
[基金申请] 面上本子正文33页，违规吗？会被低分嘛？ +14 1234567wang 2026-05-17 16/800 2026-05-21 17:58 by 脆脆的饼干
[基金申请] 国自然评分 +4 无名者登山 2026-05-20 5/250 2026-05-21 16:35 by swuq
[基金申请] 国自然上会要求 +7 无名者登山 2026-05-18 11/550 2026-05-21 15:50 by draco1987
[基金申请] 提交了我也来说说感想 +9 fummck 2026-05-20 10/500 2026-05-21 14:17 by draco1987
[基金申请] 评审有感 +15 popular289 2026-05-18 26/1300 2026-05-21 10:35 by 西葫芦炒鸡蛋
[考博] 云南大学材料与能源学院解琳课题组钙钛矿博士招生 +4 光伏爱好者 2026-05-17 6/300 2026-05-21 01:37 by 17520222914
[有机交流] 反应很差，大量原料没有反应 5+3 Mr.Zot 2026-05-19 8/400 2026-05-20 22:19 by Equinoxhua
[考博] 如果工作了想读博，可以边工作边读全日制嘛？ 30+3 铁达火车 2026-05-18 5/250 2026-05-20 09:33 by tfang
[考博] 博士申请 +5 星…… 2026-05-18 6/300 2026-05-18 23:49 by 糊糊涂涂好
[硕博家园] 我在等一个没有答案的答案 +3 Love_MH 2026-05-17 3/150 2026-05-18 02:22 by 竹林孤影
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭