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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » PCR法检测微生物
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zier1011

木虫 (著名写手)

[交流] PCR法检测微生物

问下下，通过PCR检测微生物16sRNA的方法，能不能检测到种呢？原理就是检测碱基含量吗？会不会有微生物的16sRNA的碱基含量相似，跑胶看不出来呢？
鄙人对这一块知道甚少，希望大家踊跃发言

看了大家的回复，追加如下问题：
诸位，谢谢大家的回复
鄙人并不是要确定所得菌株是否新种，而是想了解一下，通过鉴定16sRNA的碱基比例，能否检测微生物种的不同？
即使只能到属，也可以，关键是这种方法是否可行？这种原理有没有科学根据？

[ Last edited by zier1011 on 2009-11-10 at 15:06 ]
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花还香香的
1楼 2009-11-05 16:36:52
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
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1949stone(金币+3,VIP+0):很详细 谢谢 11-5 19:47
PCR检测微生物的16S应该精确不到种，只能在属种，就是你检测的菌株大概是什么属。要精确到种的话还要做相应的生理生化实验。检测的原理不是你所说的检测碱基的含量，而是检测16SRNA的碱基的序列，就是你PCR后送去测序，结果在NCBI中的BLAST比对，从而确定是什么属。
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2楼2009-11-05 16:43:44
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by fykxy_206 at 2009-11-5 16:43:
PCR检测微生物的16S应该精确不到种，只能在属种，就是你检测的菌株大概是什么属。要精确到种的话还要做相应的生理生化实验。检测的原理不是你所说的检测碱基的含量，而是检测16SRNA的碱基的序列，就是你PCR后送去 ...

有的文献上也说过当16SRNA相似程度大于98%时可以认为是同种。
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3楼2009-11-05 23:29:14
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fykxy_206

木虫 (正式写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by zhuifeng7000 at 2009-11-5 23:29:

有的文献上也说过当16SRNA相似程度大于98%时可以认为是同种。

有吗？我们老师没有这样说，我们99%都不敢说是同种呢。
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4楼2009-11-06 09:41:48
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zier1011

木虫 (著名写手)
那么诸位，检测16sRNA碱基的比例，能否区分不同微生物呢，不同的菌，16sRNA序列应该不同的吧，但我不敢说各种碱基占得百分比相同就一定是同一种菌，是这样的吧
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花还香香的
5楼2009-11-06 15:16:48
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leonn

铁杆木虫 (小有名气)
★
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16SPCR扩增后可以直接去测序 然后在pubMed上序列比对一下 大概可以看出你的菌和一些已经测序的菌的相似性 可以鉴定到属内的水平 至于同一种菌的定论还要做其他的实验来确定 比如再做IGS（ITS） 可以鉴定到种的水平
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6楼2009-11-08 21:37:27
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wish0310

至尊木虫 (著名写手)
★
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经过16sdna测序后，可通过做进化树基本判定是什么属，因为进化过程中，16s是相对保守的序列，同种生物变化很少。但具体是什么种需要做进一步鉴定。
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7楼2009-11-09 22:46:00
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biocontrol

金虫 (小有名气)
★
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个人觉的，16s 还不能到种，一般来说，如果在GENBANK上相似在95以上，说明你不是新种，不是新种，就没有什么重大意义。没有必要再定到种了。
如果相似率低，说明可能是新种。如果有价值可以测生理生化指标，主要脂肪酸之类的，然后就可以定种了。楼上说的IGS和ITS都是对真菌而言。
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裸奔进行时...
8楼2009-11-10 06:11:10
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mada1986

木虫 (小有名气)
★
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小弟最近也在做菌种鉴定这一块的实验，16sRNA基本上能确定到属，再跟相似性高的菌的标准株进行生理生化实验的比对，才能差不多到种，不过就算自己做出来是新种，也要再送到权威机构去确认一下的
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9楼2009-11-10 13:57:09
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