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汕头大学海洋科学接受调剂
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】四圆环过渡态的寻找及势能面的作图

最近在找一个四圆环的过渡态,首先希望找到接近的初始结构,希望通过二维扫描的方法,扫描得到鞍点的结构,然后再优化找出过渡态,不知道这样做是否可行,或者还有其他更好的方法。
另外扫描得到的势能面,有什么好方法可以将数据快速导出,再用如Origin等软件作图。并且得到的势能面如何判断是否含有接近过渡态的鞍点。
谢谢

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 15:19 ]
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samsaratyz

至尊木虫 (小有名气)

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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-5 16:22
这样做可以。  扫描得到的pes数据直接copy到Origin作图就可以了呀。。 如果扫描得到的pes有一个最高点,这个最高点可能就是你要找的 接近ts的鞍点。

但是为什么要扫描pes呢?直接自己猜测构型不行么。 一般情况偶都是自己猜测个构型 去优化。。
2楼2009-11-04 22:01:04
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

谢谢楼上的回答。可能我没有说清楚,如果扫描的点比较多,有没有简洁的方法可以直接导出每个点的扫描数据和能量。
另外,pes的最高点指的是什么,是不是按照鞍点的定义某个方向上的最低点,其他方向上的最高点。
第三,自己猜初始结构如何更客观一些,也许这个过程本来就比较主观,要结合自己的经验。但对于三圆环的过渡态,可以进行一维扫描,扫描的最高点通常就是接近过渡态的过程,因此三元环的过渡态相对就能够比较客观的确定,我的意思是对于四圆环的过渡态,由于有两个变量,如何有一个相对客观的确定过渡态初始结构的方法,请赐教。
谢谢
3楼2009-11-04 22:15:09
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)


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问一个白的问题
用什么软件扫描 势能面 ?
相逢是缘!
4楼2009-11-05 08:36:15
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3867826

木虫 (著名写手)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 11-5 16:22
找到起始的反应物 TS 产物 你就可以再CHEMDREW里面做吗 那个好像很简单的
拒稿,终于体会到了!乱写接受,认真写拒稿,这就是2和4的区别吗?
5楼2009-11-05 08:59:47
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)


yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-6 12:37
首先回答4楼的问题,可以用Gaussian做,如
1 29 2.89844 s 14 -0.1
26 28 1.53495 s 4 -0.1
表示对1和29,26和28两个原子之间的距离做扫描。
另外,麻烦5楼将过程说得更明确些,好吗?谢谢
6楼2009-11-05 09:29:29
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samsaratyz

至尊木虫 (小有名气)

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yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-6 12:37
楼主不好意思哦,我把问题想成是直接扫描一个键长或者键角了,两个变量的我没有做过, 不过我猜应该可以用你得到的中间体进行扫描,根据你想得到的ts设置扫描参数。  不管是一个变量还是两个变量,如果有ts的话,pes的能量变化应该是逐渐升高然后逐渐降低的。也就是你说的找三元环ts的方法。 (说了找个么多等于是废话)

如果你不想把数据copy出来作图的话,可以直接用gv的结果啊,现成的。。。

我找ts的时候一般都是自己猜测,很难找到的那种有时候我先用最小的基组opt ,比如hf/3/21g, 然后逐渐加大基组或者改变方法。 希望对你有帮助
7楼2009-11-05 22:06:34
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