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汕头大学海洋科学接受调剂
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】四圆环过渡态的寻找及势能面的作图

最近在找一个四圆环的过渡态，首先希望找到接近的初始结构，希望通过二维扫描的方法，扫描得到鞍点的结构，然后再优化找出过渡态，不知道这样做是否可行，或者还有其他更好的方法。
另外扫描得到的势能面，有什么好方法可以将数据快速导出，再用如Origin等软件作图。并且得到的势能面如何判断是否含有接近过渡态的鞍点。
谢谢

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 15:19 ]
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1楼 2009-11-04 21:39:27
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)
★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-6 12:37
首先回答4楼的问题，可以用Gaussian做，如
1 29 2.89844 s 14 -0.1
26 28 1.53495 s 4 -0.1
表示对1和29，26和28两个原子之间的距离做扫描。
另外，麻烦5楼将过程说得更明确些，好吗？谢谢
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6楼2009-11-05 09:29:29
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samsaratyz

至尊木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-5 16:22
这样做可以。  扫描得到的pes数据直接copy到Origin作图就可以了呀。。 如果扫描得到的pes有一个最高点，这个最高点可能就是你要找的 接近ts的鞍点。

但是为什么要扫描pes呢？直接自己猜测构型不行么。 一般情况偶都是自己猜测个构型 去优化。。
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2楼2009-11-04 22:01:04
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chemzhh

至尊木虫 (著名写手)
谢谢楼上的回答。可能我没有说清楚，如果扫描的点比较多，有没有简洁的方法可以直接导出每个点的扫描数据和能量。
另外，pes的最高点指的是什么，是不是按照鞍点的定义某个方向上的最低点，其他方向上的最高点。
第三，自己猜初始结构如何更客观一些，也许这个过程本来就比较主观，要结合自己的经验。但对于三圆环的过渡态，可以进行一维扫描，扫描的最高点通常就是接近过渡态的过程，因此三元环的过渡态相对就能够比较客观的确定，我的意思是对于四圆环的过渡态，由于有两个变量，如何有一个相对客观的确定过渡态初始结构的方法，请赐教。
谢谢
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3楼2009-11-04 22:15:09
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
问一个白的问题
用什么软件扫描 势能面 ？
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相逢是缘！
4楼2009-11-05 08:36:15
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