24小时热门版块排行榜    

查看: 862  |  回复: 6
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】四圆环过渡态的寻找及势能面的作图

最近在找一个四圆环的过渡态,首先希望找到接近的初始结构,希望通过二维扫描的方法,扫描得到鞍点的结构,然后再优化找出过渡态,不知道这样做是否可行,或者还有其他更好的方法。
另外扫描得到的势能面,有什么好方法可以将数据快速导出,再用如Origin等软件作图。并且得到的势能面如何判断是否含有接近过渡态的鞍点。
谢谢

[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 15:19 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

samsaratyz

至尊木虫 (小有名气)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 11-6 12:37
楼主不好意思哦,我把问题想成是直接扫描一个键长或者键角了,两个变量的我没有做过, 不过我猜应该可以用你得到的中间体进行扫描,根据你想得到的ts设置扫描参数。  不管是一个变量还是两个变量,如果有ts的话,pes的能量变化应该是逐渐升高然后逐渐降低的。也就是你说的找三元环ts的方法。 (说了找个么多等于是废话)

如果你不想把数据copy出来作图的话,可以直接用gv的结果啊,现成的。。。

我找ts的时候一般都是自己猜测,很难找到的那种有时候我先用最小的基组opt ,比如hf/3/21g, 然后逐渐加大基组或者改变方法。 希望对你有帮助
7楼2009-11-05 22:06:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

samsaratyz

至尊木虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 11-5 16:22
这样做可以。  扫描得到的pes数据直接copy到Origin作图就可以了呀。。 如果扫描得到的pes有一个最高点,这个最高点可能就是你要找的 接近ts的鞍点。

但是为什么要扫描pes呢?直接自己猜测构型不行么。 一般情况偶都是自己猜测个构型 去优化。。
2楼2009-11-04 22:01:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemzhh

至尊木虫 (著名写手)

谢谢楼上的回答。可能我没有说清楚,如果扫描的点比较多,有没有简洁的方法可以直接导出每个点的扫描数据和能量。
另外,pes的最高点指的是什么,是不是按照鞍点的定义某个方向上的最低点,其他方向上的最高点。
第三,自己猜初始结构如何更客观一些,也许这个过程本来就比较主观,要结合自己的经验。但对于三圆环的过渡态,可以进行一维扫描,扫描的最高点通常就是接近过渡态的过程,因此三元环的过渡态相对就能够比较客观的确定,我的意思是对于四圆环的过渡态,由于有两个变量,如何有一个相对客观的确定过渡态初始结构的方法,请赐教。
谢谢
3楼2009-11-04 22:15:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangfan2192

金虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
问一个白的问题
用什么软件扫描 势能面 ?
相逢是缘!
4楼2009-11-05 08:36:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 311求调剂 +13 冬十三 2026-03-15 14/700 2026-03-21 22:10 by peike
[考研] 297求调剂 +3 喜欢还是不甘心 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:33 by 学员8dgXkO
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 0856材料专硕353求调剂 +3 NIFFFfff 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:23 by luoyongfeng
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华中科技大学,080502,354分求调剂 +5 守候夕阳CF 2026-03-18 5/250 2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大,求调剂 +5 材化逐梦人 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:26 by JourneyLucky
[考研] 材料专业求调剂 +6 hanamiko 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:24 by JourneyLucky
[考研] 22408 344分 求调剂 一志愿 华电计算机技术 +4 solanXXX 2026-03-20 4/200 2026-03-20 23:49 by alg094825
[考研] 一志愿武汉理工材料工程专硕调剂 +9 Doleres 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 广西大学家禽遗传育种课题组2026年硕士招生(接收计算机专业调剂) +3 123阿标 2026-03-17 3/150 2026-03-20 15:58 by 飞行琦
[考研] 281求调剂(0805) +14 烟汐忆海 2026-03-16 25/1250 2026-03-20 15:47 by yuncha
[考研] 0703化学调剂 +4 18889395102 2026-03-18 4/200 2026-03-19 16:13 by 30660438
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 085601专硕,总分342求调剂,地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
[考研] 070303 总分349求调剂 +3 LJY9966 2026-03-15 5/250 2026-03-16 14:24 by xwxstudy
信息提示
请填处理意见