应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教genbank有关问题
81/1返回列表
查看: 920  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

Figo8506

铁虫 (初入文坛)

[交流] 请教genbank有关问题

提交了几个16S rDNA，Genbank给回了封信，看不懂，10G请高手帮忙看看
如下：各位帮帮忙
---------------------------------------------------------------------------------------------
Dear GenBank Submitter:

Please find your assigned Accession Number(s) in the letter below.

Please provide us with the nucleotide spans of the following:

        - ribosomal RNA
        - internal transcribed spacer

in a tab-delimited feature table:

>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
                        product        18S ribosomal RNA
101        200        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 1
201        300        rRNA
                        product        5.8S ribosomal RNA
301        400        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 2
401        >500        rRNA
                        product        28S ribosomal RNA

If you do not know the exact nucleotide spans, please verify which
of the above components exist in each of your sequences.

Send this information to:  gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

Thank you and we look forward to hearing from you soon.

Please reply using the original subject line.
This will allow for faster processing of your correspondence.
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-11-03 16:37:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 11-3 17:26
在信的后面能找到你的assigned Accession Number

信件主要是要你上传整个核糖体DNA簇的基因序列和其中间隔的序列
比如18S ribosomal RNA 间隔 5.8S ribosomal RNA 间隔 28S ribosomal RNA（这是真核）
然后用你原来的那个subject line 这个他们会更快的回复你
赞一下(21人) 回复此楼
可以用QQ找我……
2楼2009-11-03 17:02:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 11-3 22:02
对，在信的后面有你提交序列的信息，accession number就在里面，需要留意一下.另外你需要把你提交序列的边界信息再上传一下，就按照他们给你的格式写
>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
                        product        18S ribosomal RNA
101        200        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 1
201        300        rRNA
                        product        5.8S ribosomal RNA
301        400        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 2
401        >500        rRNA
                        product        28S ribosomal RNA
需要说明的一定要说清楚。
我还想请问一下，你是用新系统提交的呢还是sequin？
赞一下(21人) 回复此楼
3楼2009-11-03 21:55:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Figo8506

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 欣晴5832 at 2009-11-3 21:55:
对，在信的后面有你提交序列的信息，accession number就在里面，需要留意一下.另外你需要把你提交序列的边界信息再上传一下，就按照他们给你的格式写
>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
...

我用的是bankit，好像看见说是系统升级了，不过我没发现什么不一样的地方，就是这次genbank的staff的回信以前从来没有过哦

这个问题是不是就是把序列分段100个碱基再给他们一遍？
赞一下 回复此楼
4楼2009-11-03 23:06:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
新系统的变化也还是挺大的，你用bankit提交genbank的staff尽然没让你重提就很好了，呵呵
不知道你提交的序列有几个区段，你要上网查一下确定每段的边界和长度后再按照上面的格式写，genbank只是给你一个模板，并不是以100个碱基为单位把序列分段。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2009-11-05 11:14:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
顺便问一下，你分析序列用的是什么软件啊？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2009-11-05 11:19:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Figo8506

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 欣晴5832 at 2009-11-5 11:19:
顺便问一下，你分析序列用的是什么软件啊？

Mega4
回复此楼
7楼2009-12-03 10:38:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竹子2225

银虫 (小有名气)
我也来学习一下
回复此楼
8楼2009-12-03 10:45:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Figo8506 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +8 医学老男孩 2026-08-13 15/750 2026-08-13 18:47 by JChen2024
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 28/1400 2026-08-13 17:51 by 医学老男孩
[文学芳草园] 阿姨 +3 汪汪锅 2026-08-09 3/150 2026-08-13 16:56 by 410610288
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +3 启萌科技 2026-08-12 6/300 2026-08-13 15:34 by 高飞的梦想
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +9 majunge000 2026-08-10 11/550 2026-08-13 10:40 by ZH远山
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[论文投稿] 职称评审，求友友推荐见刊最快的期刊 +4 工厂打螺丝 2026-08-08 4/200 2026-08-12 09:18 by hansi2025
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +7 布布和一二 2026-08-10 10/500 2026-08-12 09:12 by 布布和一二
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？ +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 关于代码变化问题，想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于filecode，很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制，评价高的钱多评价低的钱少，但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 固定端突然变了，今天 +6 archvillain 2026-08-06 10/500 2026-08-07 16:03 by 医学老男孩
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭