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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 请教genbank有关问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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Figo8506

铁虫 (初入文坛)

[交流] 请教genbank有关问题

提交了几个16S rDNA，Genbank给回了封信，看不懂，10G请高手帮忙看看
如下：各位帮帮忙
---------------------------------------------------------------------------------------------
Dear GenBank Submitter:

Please find your assigned Accession Number(s) in the letter below.

Please provide us with the nucleotide spans of the following:

        - ribosomal RNA
        - internal transcribed spacer

in a tab-delimited feature table:

>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
                        product        18S ribosomal RNA
101        200        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 1
201        300        rRNA
                        product        5.8S ribosomal RNA
301        400        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 2
401        >500        rRNA
                        product        28S ribosomal RNA

If you do not know the exact nucleotide spans, please verify which
of the above components exist in each of your sequences.

Send this information to:  gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

Thank you and we look forward to hearing from you soon.

Please reply using the original subject line.
This will allow for faster processing of your correspondence.
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1楼 2009-11-03 16:37:37
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红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 11-3 17:26
在信的后面能找到你的assigned Accession Number

信件主要是要你上传整个核糖体DNA簇的基因序列和其中间隔的序列
比如18S ribosomal RNA 间隔 5.8S ribosomal RNA 间隔 28S ribosomal RNA（这是真核）
然后用你原来的那个subject line 这个他们会更快的回复你
赞一下(21人) 回复此楼
可以用QQ找我……
2楼2009-11-03 17:02:19
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 11-3 22:02
对，在信的后面有你提交序列的信息，accession number就在里面，需要留意一下.另外你需要把你提交序列的边界信息再上传一下，就按照他们给你的格式写
>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
                        product        18S ribosomal RNA
101        200        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 1
201        300        rRNA
                        product        5.8S ribosomal RNA
301        400        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 2
401        >500        rRNA
                        product        28S ribosomal RNA
需要说明的一定要说清楚。
我还想请问一下，你是用新系统提交的呢还是sequin？
赞一下(21人) 回复此楼
3楼2009-11-03 21:55:12
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Figo8506

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 欣晴5832 at 2009-11-3 21:55:
对，在信的后面有你提交序列的信息，accession number就在里面，需要留意一下.另外你需要把你提交序列的边界信息再上传一下，就按照他们给你的格式写
>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
...

我用的是bankit，好像看见说是系统升级了，不过我没发现什么不一样的地方，就是这次genbank的staff的回信以前从来没有过哦

这个问题是不是就是把序列分段100个碱基再给他们一遍？
赞一下 回复此楼
4楼2009-11-03 23:06:38
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
新系统的变化也还是挺大的，你用bankit提交genbank的staff尽然没让你重提就很好了，呵呵
不知道你提交的序列有几个区段，你要上网查一下确定每段的边界和长度后再按照上面的格式写，genbank只是给你一个模板，并不是以100个碱基为单位把序列分段。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2009-11-05 11:14:10
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欣晴5832

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
顺便问一下，你分析序列用的是什么软件啊？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2009-11-05 11:19:14
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Figo8506

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by 欣晴5832 at 2009-11-5 11:19:
顺便问一下，你分析序列用的是什么软件啊？

Mega4
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7楼2009-12-03 10:38:43
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竹子2225

银虫 (小有名气)
我也来学习一下
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8楼2009-12-03 10:45:57
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