24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 804  |  回复: 7
当前主题已经存档。

Figo8506

铁虫 (初入文坛)

[交流] 请教genbank有关问题

提交了几个16S rDNA,Genbank给回了封信,看不懂,10G请高手帮忙看看
如下:各位帮帮忙
---------------------------------------------------------------------------------------------
Dear GenBank Submitter:

Please find your assigned Accession Number(s) in the letter below.

Please provide us with the nucleotide spans of the following:

        - ribosomal RNA
        - internal transcribed spacer

in a tab-delimited feature table:

>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
                        product        18S ribosomal RNA
101        200        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 1
201        300        rRNA
                        product        5.8S ribosomal RNA
301        400        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 2
401        >500        rRNA
                        product        28S ribosomal RNA

If you do not know the exact nucleotide spans, please verify which
of the above components exist in each of your sequences.

Send this information to:  gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

Thank you and we look forward to hearing from you soon.

Please reply using the original subject line.
This will allow for faster processing of your correspondence.
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红多多

木虫 (正式写手)

版筑饭牛的日子

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 11-3 17:26
在信的后面能找到你的assigned Accession Number

信件主要是要你上传整个核糖体DNA簇的基因序列和其中间隔的序列
比如18S ribosomal RNA 间隔 5.8S ribosomal RNA 间隔 28S ribosomal RNA(这是真核)
然后用你原来的那个subject line 这个他们会更快的回复你
可以用QQ找我……
2楼2009-11-03 17:02:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 11-3 22:02
对,在信的后面有你提交序列的信息,accession number就在里面,需要留意一下.另外你需要把你提交序列的边界信息再上传一下,就按照他们给你的格式写
>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
                        product        18S ribosomal RNA
101        200        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 1
201        300        rRNA
                        product        5.8S ribosomal RNA
301        400        misc_RNA
                        product        internal transcribed spacer 2
401        >500        rRNA
                        product        28S ribosomal RNA
需要说明的一定要说清楚。
我还想请问一下,你是用新系统提交的呢还是sequin?
3楼2009-11-03 21:55:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Figo8506

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 欣晴5832 at 2009-11-3 21:55:
对,在信的后面有你提交序列的信息,accession number就在里面,需要留意一下.另外你需要把你提交序列的边界信息再上传一下,就按照他们给你的格式写
>Feature gb|GUxxxxxx|
<1        100        rRNA
...

我用的是bankit,好像看见说是系统升级了,不过我没发现什么不一样的地方,就是这次genbank的staff的回信以前从来没有过哦

这个问题是不是就是把序列分段100个碱基再给他们一遍?
4楼2009-11-03 23:06:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
新系统的变化也还是挺大的,你用bankit提交genbank的staff尽然没让你重提就很好了,呵呵
不知道你提交的序列有几个区段,你要上网查一下确定每段的边界和长度后再按照上面的格式写,genbank只是给你一个模板,并不是以100个碱基为单位把序列分段。
5楼2009-11-05 11:14:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

欣晴5832

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
顺便问一下,你分析序列用的是什么软件啊?
6楼2009-11-05 11:19:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Figo8506

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by 欣晴5832 at 2009-11-5 11:19:
顺便问一下,你分析序列用的是什么软件啊?

Mega4
7楼2009-12-03 10:38:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

竹子2225

银虫 (小有名气)

我也来学习一下
8楼2009-12-03 10:45:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Figo8506 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 322求调剂 +5 123安康 2026-04-12 5/250 2026-04-12 11:24 by ajpv风雷
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +24 xaw. 2026-04-11 24/1200 2026-04-12 10:32 by 猪会飞
[考研] 0854调剂 +12 长弓傲 2026-04-09 13/650 2026-04-12 09:56 by 逆水乘风
[考研] 化学工程调剂289 +44 yang婷 2026-04-07 50/2500 2026-04-12 02:36 by 秋豆菜芽
[考研] 270求调剂 +14 杨乐369 2026-04-11 14/700 2026-04-11 20:16 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 11/550 2026-04-11 19:57 by 逆水乘风
[考研] 调剂求助 +6 果然有我 2026-04-11 7/350 2026-04-11 16:22 by 明月此时有
[考研] 300分求调剂 (085501机械专硕,本科扬大) +8 xu@841019 2026-04-11 8/400 2026-04-11 10:46 by qingpingzhu
[考研] 085410-273求调剂 +6 X1999 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:32 by Delta2012
[考研] 机械专硕270求调剂,接受跨专业 +12 老师看看我吧aba 2026-04-09 14/700 2026-04-11 10:21 by laoshidan
[考研] 环境专硕调剂 +16 会说话的肘子 2026-04-06 16/800 2026-04-10 10:30 by asy1wn
[考研] 青岛科技大学材料学院,环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3 1青科大。 2026-04-09 5/250 2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
[考研] 277求调剂 +19 倪建设 2026-04-06 19/950 2026-04-10 09:24 by guosr9609
[考研] 一志愿厦大生物学332求调剂 +10 池池池池池池 2026-04-08 10/500 2026-04-09 17:10 by 独醉梦孤城
[考研] 0703化学调剂 348分 +14 唉我超真没招了 2026-04-06 15/750 2026-04-08 19:16 by 我减肥1
[考研] 电子信息346 +4 zuoshaodian 2026-04-08 4/200 2026-04-08 11:54 by zzucheup
[考研] 081200-11408-367学硕求调剂 +4 1_2_3111 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:13 by jp9609
[考研] 297分083200求助 +9 aekx 2026-04-05 9/450 2026-04-06 20:57 by flysky1234
[考研] 材料调剂 +5 小刘同学吖吖 2026-04-06 5/250 2026-04-06 18:34 by sherry_1901
[考研] 283求调剂 +5 baiiyu 2026-04-05 6/300 2026-04-05 20:35 by 啵啵啵0119
信息提示
请填处理意见