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plantst5928

铜虫 (小有名气)

[交流] 求助大片段载体构建

我最近在将一个4700bp的基因连进T载体中,可是一直没有成功,现在已经做了3次了。大家有没有什么好的方法可以改进连接效率?
我的步骤如下:
基因4700bp,用primer star扩增之后,切胶回收目的条带,回收效率还行(取回收产物1ul做模板pcr能扩增出目的条带来),之后加A(8ul底物,30min),连进T载体(promega的),一般4度连接过夜,转化,蓝白斑筛选。第二天板子上能看见白斑,但是挑斑,pcr验证却总是假阳性,提质粒验证,分子量是2500bp左右,肯定是T载体自连了。但是那些白斑是什么啊?
现在做了3次都是这样,就是连不进去。快郁闷死了,大家有什么好的建议?多谢了!!!
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bioxixi

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
plantst5928(金币+1):谢谢参与
amisking(金币+3,VIP+0): 10-11 08:18
首先要保证你的PCR产物末端加a了啊,4700的片段,很可能用的高保真的酶?有的高保真酶是不加a的,首先确认这个吧
然后就连接是PCR产物和载体的浓度比,因为你这个片段很大,好像都比T载体大了吧,加入的量就不能和其他小片段一样了,因为浓度是会影响连接效率的,如果不好把握,可以做几个不同梯度
蓝白斑有时候会有假阳性的,从培养箱拿出来后可以再4度冰箱放几个小时,一些白斑会变蓝的。。。
再试试?祝好运
14楼2009-10-11 08:15:55
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)

小木虫之有关部门负责人

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
plantst5928(金币+1):谢谢参与
amisking(金币+6,VIP+0): 10-8 15:50
4.7k的不算大,连应该没问题的。
你的a尾加的有问题吗,一般的酶都可以吧,都是pcr的时候加上的。
酶连4-16°都可以的,这个没问题。8h以上都可以。

关于白斑的这个,大家都遇到过,理论上自联应该是蓝斑,但是好多时候是白的。个人认为其可能连上了一些很小的片段,<100bp。你可以随机拿几个去测序看看,验证自己的想法。看看到底是空的还是连上了什么东西。
至于重复的,你做的时候可以多做几个,t量不变,片段有差别,做几个,总有一个可以的。
祝实验成功!
小木虫之有关部门负责人
2楼2009-10-08 15:32:11
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qgaoamtf

至尊木虫 (职业作家)


plantst5928(金币+1):谢谢参与
挑几个蓝斑的检测一下。白斑有可能在载体自联时A/T末端引起的移码突变造成的。
4楼2009-10-08 16:01:24
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gastrodia

金虫 (正式写手)


plantst5928(金币+1):谢谢参与
不要加A,换个平端载体连接吧
5楼2009-10-08 16:57:56
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