24小时热门版块排行榜    

查看: 1226  |  回复: 4

shouwu_he

新虫 (小有名气)

[交流] 小白发问 已有2人参与

大家好,我是一个纯小白,从药化过来的,我这边有一个CYP450的反应,它会让CYP450中的血红素结构改变,并且在UV上找不到峰,我的小分子和它反应,反应中有一个产物,但我并不确定它是不是造成血红素结构改变的那个,我想知道如果我只有这些信息,是否能预测它那个能造成血红素结构变化的中间物和过程?单纯用Gausssian可以做到吗?是否需要湿实验查找一下产物?
并不是求助,就是来问问这样行不行,感谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天天进步啊

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
高斯并不难预测产物、中间体。

正确的做法是:

1、提出可能的反应机理(其实就是猜)

2、用高斯计算反应能垒,看机理是否合理

3、如果能垒都不大,都合理,那么能垒最低的机理,就是最合理的机理
分子筛、分子动力学模拟,有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2023-05-09 19:32:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouwu_he

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2023-05-09 19:32:42
高斯并不难预测产物、中间体。

正确的做法是:

1、提出可能的反应机理(其实就是猜)

2、用高斯计算反应能垒,看机理是否合理

3、如果能垒都不大,都合理,那么能垒最低的机理,就是最合理的机理

谢谢您!!
3楼2023-05-09 21:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果是把单独的血红素从CYP450上给剥离出来 你就是算血红素和你的底物的反应。只要你设计好反应路径,一步一步的找到各个步骤中间体过渡态是没有问题的。高斯基本也是这类计算的最佳选择。如果是要带着整个的CYP450 ,那可能还得考虑用QM/MM的方式。
4楼2023-05-10 00:38:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouwu_he

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2023-05-10 00:38:41
如果是把单独的血红素从CYP450上给剥离出来 你就是算血红素和你的底物的反应。只要你设计好反应路径,一步一步的找到各个步骤中间体过渡态是没有问题的。高斯基本也是这类计算的最佳选择。如果是要带着整个的CYP450 ...

谢谢版主!我一开始也想考虑用QM/MM,后来发现虽然我的pocket很大,但是能够发生反应的地方只有一个,所以可能只用QM就可以了
5楼2023-05-10 10:39:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 shouwu_he 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂,求各位老师收留 +6 秋有木北 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:18 by houyaoxu
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家,不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 290求调剂 +4 @将就将就看 2026-03-10 8/400 2026-03-14 14:23 by 千千运气
[考研] 26考研求调剂b区高校 +3 北陌追雪 2026-03-08 4/200 2026-03-14 03:47 by JourneyLucky
[考研] 320求调剂 +5 魏zy 2026-03-08 5/250 2026-03-14 03:41 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 326 求调剂 +5 热爱生活ing 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:39 by JourneyLucky
[考研] 293求调剂 +5 上班不着吉 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:37 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工296分求调剂 +16 稻妻小编 2026-03-09 18/900 2026-03-14 02:00 by JourneyLucky
[考研] 材料工程,326分,求调剂 +6 KRSLSR 2026-03-10 6/300 2026-03-13 23:47 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +9 ADT 2026-03-11 9/450 2026-03-13 21:55 by JourneyLucky
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂(085602一志愿985) +12 化工人999 2026-03-09 12/600 2026-03-13 12:02 by JourneyLucky
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 0817化学工程319求调剂 +8 lv945 2026-03-08 10/500 2026-03-12 05:26 by wll0811
[考研] 调剂 +5 呵唔哦豁 2026-03-10 5/250 2026-03-10 22:00 by 28375m
[考研] 收调剂 +7 调剂的考研学生 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:57 by 麦茶汤圆
[考研] 数二英二309分请求调剂 +3 dtdxzxx 2026-03-09 4/200 2026-03-09 19:56 by yuningshan
信息提示
请填处理意见