24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1250  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

shouwu_he

新虫 (小有名气)

[交流] 小白发问 已有2人参与

大家好,我是一个纯小白,从药化过来的,我这边有一个CYP450的反应,它会让CYP450中的血红素结构改变,并且在UV上找不到峰,我的小分子和它反应,反应中有一个产物,但我并不确定它是不是造成血红素结构改变的那个,我想知道如果我只有这些信息,是否能预测它那个能造成血红素结构变化的中间物和过程?单纯用Gausssian可以做到吗?是否需要湿实验查找一下产物?
并不是求助,就是来问问这样行不行,感谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouwu_he

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2023-05-09 19:32:42
高斯并不难预测产物、中间体。

正确的做法是:

1、提出可能的反应机理(其实就是猜)

2、用高斯计算反应能垒,看机理是否合理

3、如果能垒都不大,都合理,那么能垒最低的机理,就是最合理的机理

谢谢您!!
3楼2023-05-09 21:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

天天进步啊

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
高斯并不难预测产物、中间体。

正确的做法是:

1、提出可能的反应机理(其实就是猜)

2、用高斯计算反应能垒,看机理是否合理

3、如果能垒都不大,都合理,那么能垒最低的机理,就是最合理的机理
分子筛、分子动力学模拟,有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2023-05-09 19:32:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
如果是把单独的血红素从CYP450上给剥离出来 你就是算血红素和你的底物的反应。只要你设计好反应路径,一步一步的找到各个步骤中间体过渡态是没有问题的。高斯基本也是这类计算的最佳选择。如果是要带着整个的CYP450 ,那可能还得考虑用QM/MM的方式。
4楼2023-05-10 00:38:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

shouwu_he

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2023-05-10 00:38:41
如果是把单独的血红素从CYP450上给剥离出来 你就是算血红素和你的底物的反应。只要你设计好反应路径,一步一步的找到各个步骤中间体过渡态是没有问题的。高斯基本也是这类计算的最佳选择。如果是要带着整个的CYP450 ...

谢谢版主!我一开始也想考虑用QM/MM,后来发现虽然我的pocket很大,但是能够发生反应的地方只有一个,所以可能只用QM就可以了
5楼2023-05-10 10:39:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 工科277分求调剂材料 +5 上了上了上哦 2026-04-05 5/250 2026-04-05 11:14 by arrow8852
[考研] 285求调剂 +10 哦呦呼o 2026-04-04 10/500 2026-04-05 11:12 by guoweigw
[考研] 化学357分,考研调剂 +10 .Starry. 2026-04-04 11/550 2026-04-05 10:57 by cql1109
[考研] 329求调剂 +16 miaodesi 2026-04-02 18/900 2026-04-05 10:51 by hmn_wj
[考研] 材料与化工306分找调剂 +12 沧海轻舟e 2026-04-03 13/650 2026-04-04 23:45 by lqwchd
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 385分 生物学(071000)求调剂 +9 qf626 2026-04-01 9/450 2026-04-04 18:10 by macy2011
[考研] 317分 一志愿江南大学 化学工程学硕 求调剂 +6 YinTai 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:30 by 无际的草原
[考研] 357求调剂 +13 1050389037 2026-04-03 13/650 2026-04-03 22:27 by 无际的草原
[考研] 319求调剂 +18 太容易1018 2026-04-01 18/900 2026-04-03 11:18 by linyelide
[考研] 316求调剂 +14 舟自梗 2026-04-01 18/900 2026-04-03 10:28 by linyelide
[考研] 330求调剂 +3 白神呜呼呼 2026-04-02 3/150 2026-04-03 10:15 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿安徽大学0817化学工程与技术,求调剂 +14 我不是只因 2026-04-02 15/750 2026-04-03 09:49 by 蓝云思雨
[考研] 264分,求任意工科调剂 +4 zzlqwq 2026-03-29 5/250 2026-04-02 17:17 by 何曾几何
[考研] 302求调剂一志愿北航070300,本科郑大化学 +8 圣日耳曼条 2026-04-01 11/550 2026-04-02 07:40 by chemdavid
[考研] 085410 一志愿211 22408分数359求调剂 +3 123456789qw 2026-03-31 4/200 2026-04-02 00:06 by 义文wang
[考研] 0817化工学硕调剂 +11 努力上岸中! 2026-03-31 11/550 2026-04-01 20:30 by 赖春艳
[考研] 合肥区域性重点一本招收调剂 +4 6266jl 2026-03-30 8/400 2026-03-31 18:43 by 6266jl
[考研] 370求调剂 +3 080700调剂 2026-03-30 3/150 2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[考研] 11408总分309,一志愿东南大学求调剂,不挑专业 +5 天赋带到THU 2026-03-29 6/300 2026-03-30 20:49 by dick_runner
信息提示
请填处理意见