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shouwu_he

新虫 (小有名气)

[交流] 小白发问 已有2人参与

大家好，我是一个纯小白，从药化过来的，我这边有一个CYP450的反应，它会让CYP450中的血红素结构改变，并且在UV上找不到峰，我的小分子和它反应，反应中有一个产物，但我并不确定它是不是造成血红素结构改变的那个，我想知道如果我只有这些信息，是否能预测它那个能造成血红素结构变化的中间物和过程？单纯用Gausssian可以做到吗？是否需要湿实验查找一下产物？
并不是求助，就是来问问这样行不行，感谢
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1楼 2023-05-09 18:00:59
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shouwu_he

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2023-05-10 00:38:41
如果是把单独的血红素从CYP450上给剥离出来 你就是算血红素和你的底物的反应。只要你设计好反应路径，一步一步的找到各个步骤中间体过渡态是没有问题的。高斯基本也是这类计算的最佳选择。如果是要带着整个的CYP450 ...

谢谢版主！我一开始也想考虑用QM/MM，后来发现虽然我的pocket很大，但是能够发生反应的地方只有一个，所以可能只用QM就可以了
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5楼2023-05-10 10:39:24
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
高斯并不难预测产物、中间体。

正确的做法是：

1、提出可能的反应机理（其实就是猜）

2、用高斯计算反应能垒，看机理是否合理

3、如果能垒都不大，都合理，那么能垒最低的机理，就是最合理的机理
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分子筛、分子动力学模拟，有问题可咨询我的知乎主页 https://www.zhihu.com/people/rao777
2楼2023-05-09 19:32:42
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shouwu_he

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2023-05-09 19:32:42
高斯并不难预测产物、中间体。

正确的做法是：

1、提出可能的反应机理（其实就是猜）

2、用高斯计算反应能垒，看机理是否合理

3、如果能垒都不大，都合理，那么能垒最低的机理，就是最合理的机理

谢谢您！！
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3楼2023-05-09 21:20:31
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paramecium86

版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
如果是把单独的血红素从CYP450上给剥离出来 你就是算血红素和你的底物的反应。只要你设计好反应路径，一步一步的找到各个步骤中间体过渡态是没有问题的。高斯基本也是这类计算的最佳选择。如果是要带着整个的CYP450 ，那可能还得考虑用QM/MM的方式。
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4楼2023-05-10 00:38:41
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