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xiaomu3811

金虫 (小有名气)

[交流] 拿到基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢

拿到DNA基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢?请各位大侠帮忙啊,谢谢
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caicaiyy

铜虫 (小有名气)


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在NCBI上搜出你的基因的mRNA,然后再与你的基因对比,要注意吧mRNA转换为DNA再对比。
10楼2009-10-07 13:14:29
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普通回帖

zuodongyun

铁杆木虫 (正式写手)


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利用Softberry (http://linux1.softberry.com/berry.phtml)的Gene Finding工具在线分析即可
2楼2009-09-27 11:28:46
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银杏下

金虫 (小有名气)


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可以利用gene bank比较DNA序列和mRNA序列,一般就可以得到外显子区域和内含子区域。
3楼2009-09-27 11:34:44
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寒山拾得

木虫 (小有名气)


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ORF Finder (Open Reading Frame Finder)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
4楼2009-09-27 13:25:22
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gyesang

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ORF finder是你输入的是cDNA的序列,他会帮你找出来,expasy网站的那个工具比ncbi的好用,只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了,你现在是基因组序列,用ncbi blast一下,找到mRNA的序列,再分析外显子内含子就比较容易了
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2009-09-27 14:08:15
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)


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引用回帖:
Originally posted by gyesang at 2009-9-27 14:08:
ORF finder是你输入的是cDNA的序列,他会帮你找出来,expasy网站的那个工具比ncbi的好用,只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了,你现在是基因组序列,用ncbi blast一下,找到mRNA的序列,再分析外显子内 ...

和谁blast?  具体blast操作能说一下么
6楼2009-09-27 16:56:29
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xuezhen

银虫 (小有名气)

学习一下!
7楼2009-09-27 19:36:52
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gyesang

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引用回帖:
Originally posted by gyesang at 2009-9-27 14:08:
ORF finder是你输入的是cDNA的序列,他会帮你找出来,expasy网站的那个工具比ncbi的好用,只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了,你现在是基因组序列,用ncbi blast一下,找到mRNA的序列,再分析外显子内 ...

这个网站,打开把你序列贴进去,然后查看检索结果,运气好的话,可能会有你基因的参考序列,参考序列标记:NM_开头
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

[ Last edited by gyesang on 2009-10-7 at 10:09 ]
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2009-10-07 10:05:49
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annwt

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0): 10-12 08:19
首先是序列的比对,可以通过计算机来完成。
有些内含子和外显子连接区还需要手工分析,调节碱基的位置。
ORF一定要注意,得到ORF后一定上网比对,是否到头,是真正的ATG。
9楼2009-10-07 10:36:01
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