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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 拿到基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢
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xiaomu3811

金虫 (小有名气)

[交流] 拿到基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢

拿到DNA基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢？请各位大侠帮忙啊，谢谢
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1楼 2009-09-27 10:39:37
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caicaiyy

铜虫 (小有名气)
★
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在NCBI上搜出你的基因的mRNA，然后再与你的基因对比，要注意吧mRNA转换为DNA再对比。
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10楼2009-10-07 13:14:29
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普通回帖

zuodongyun

铁杆木虫 (正式写手)
★
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利用Softberry (http://linux1.softberry.com/berry.phtml)的Gene Finding工具在线分析即可
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2楼2009-09-27 11:28:46
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银杏下

金虫 (小有名气)
★
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可以利用gene bank比较DNA序列和mRNA序列，一般就可以得到外显子区域和内含子区域。
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3楼2009-09-27 11:34:44
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寒山拾得

木虫 (小有名气)
★
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ORF Finder (Open Reading Frame Finder)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
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4楼2009-09-27 13:25:22
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

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ORF finder是你输入的是cDNA的序列，他会帮你找出来，expasy网站的那个工具比ncbi的好用，只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了，你现在是基因组序列，用ncbi blast一下，找到mRNA的序列，再分析外显子内含子就比较容易了
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
5楼2009-09-27 14:08:15
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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)
★
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Originally posted by gyesang at 2009-9-27 14:08:
ORF finder是你输入的是cDNA的序列，他会帮你找出来，expasy网站的那个工具比ncbi的好用，只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了，你现在是基因组序列，用ncbi blast一下，找到mRNA的序列，再分析外显子内 ...

和谁blast？  具体blast操作能说一下么
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6楼2009-09-27 16:56:29
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xuezhen

银虫 (小有名气)
学习一下！
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7楼2009-09-27 19:36:52
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gyesang

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引用回帖:
Originally posted by gyesang at 2009-9-27 14:08:
ORF finder是你输入的是cDNA的序列，他会帮你找出来，expasy网站的那个工具比ncbi的好用，只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了，你现在是基因组序列，用ncbi blast一下，找到mRNA的序列，再分析外显子内 ...

这个网站，打开把你序列贴进去，然后查看检索结果，运气好的话，可能会有你基因的参考序列，参考序列标记：NM_开头
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

[ Last edited by gyesang on 2009-10-7 at 10:09 ]
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8楼2009-10-07 10:05:49
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annwt

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0): 10-12 08:19
首先是序列的比对，可以通过计算机来完成。
有些内含子和外显子连接区还需要手工分析，调节碱基的位置。
ORF一定要注意，得到ORF后一定上网比对，是否到头，是真正的ATG。
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9楼2009-10-07 10:36:01
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