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xiaomu3811

金虫 (小有名气)

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[交流] 拿到基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢

拿到DNA基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢？请各位大侠帮忙啊，谢谢

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1楼 2009-09-27 10:39:37

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yixuanwin

铁杆木虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by gyesang at 2009-9-27 14:08:
ORF finder是你输入的是cDNA的序列，他会帮你找出来，expasy网站的那个工具比ncbi的好用，只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了，你现在是基因组序列，用ncbi blast一下，找到mRNA的序列，再分析外显子内 ...

和谁blast？具体blast操作能说一下么

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6楼2009-09-27 16:56:29

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zuodongyun

铁杆木虫 (正式写手)

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专业: 基因组学

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利用Softberry (http://linux1.softberry.com/berry.phtml)的Gene Finding工具在线分析即可

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2楼2009-09-27 11:28:46

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银杏下

金虫 (小有名气)

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可以利用gene bank比较DNA序列和mRNA序列，一般就可以得到外显子区域和内含子区域。

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3楼2009-09-27 11:34:44

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寒山拾得

木虫 (小有名气)

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性别: GG
专业: 发育生物学

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ORF Finder (Open Reading Frame Finder)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

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4楼2009-09-27 13:25:22

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