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xiaomu3811

金虫 (小有名气)

[交流] 拿到基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢

拿到DNA基因序列怎样分析其外显子内含子及开放阅读框呢?请各位大侠帮忙啊,谢谢
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gyesang

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引用回帖:
Originally posted by gyesang at 2009-9-27 14:08:
ORF finder是你输入的是cDNA的序列,他会帮你找出来,expasy网站的那个工具比ncbi的好用,只要找出编码最长氨基酸序列的那种阅读框就行了,你现在是基因组序列,用ncbi blast一下,找到mRNA的序列,再分析外显子内 ...

这个网站,打开把你序列贴进去,然后查看检索结果,运气好的话,可能会有你基因的参考序列,参考序列标记:NM_开头
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=blasthome

[ Last edited by gyesang on 2009-10-7 at 10:09 ]
学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
8楼2009-10-07 10:05:49
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查看全部 11 个回答

zuodongyun

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
利用Softberry (http://linux1.softberry.com/berry.phtml)的Gene Finding工具在线分析即可
2楼2009-09-27 11:28:46
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银杏下

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
可以利用gene bank比较DNA序列和mRNA序列,一般就可以得到外显子区域和内含子区域。
3楼2009-09-27 11:34:44
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寒山拾得

木虫 (小有名气)


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ORF Finder (Open Reading Frame Finder)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
4楼2009-09-27 13:25:22
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