24小时热门版块排行榜    

查看: 778  |  回复: 11
当前主题已经存档。

雨后郁金香

金虫 (小有名气)

[交流] 关于大片段基因的引物设计

本人现在需要设计一个基因的引物,基因有12000多bp,现需设计一对引物,要求PCR产物的大小为2KB~5KB,将该基因的12000多bp序列导入Primer 后,会弹出个对话框,写着:“more than 30000 possible primers. Optimal primers search will be exceedingly time consuming.Please reduce anti-sense primer search range。”想请问各位有什么更好的设计引物的方法来获得该基因啊??  谢谢达人。。。
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

菊花茶

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 9-22 20:23
30000多,都能扩出你的产物吗?
要看你的产物在哪一段,然后用primer5设计,应该不困难,先选择前后primer在哪个范围最合适,再根据Tm值,GC含量,二聚体,错配等进行编辑取舍
2楼2009-09-22 20:12:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨后郁金香

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 菊花茶 at 2009-9-22 20:12:
30000多,都能扩出你的产物吗?
要看你的产物在哪一段,然后用primer5设计,应该不困难,先选择前后primer在哪个范围最合适,再根据Tm值,GC含量,二聚体,错配等进行编辑取舍

是啊,关键是那所谓的30000多个的分值都很低,而且二聚体啦,错配啦什么的都有,值还很大。。。。唉,有点犯难,不知道该如何设计。。。。
3楼2009-09-22 20:53:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gastrodia

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
剪掉一部分序列再设计引物即可

[ Last edited by gastrodia on 2009-9-22 at 21:00 ]
4楼2009-09-22 20:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

changes

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
调整下引物长度范围,默认一般为20~2,你调整下试试。
5楼2009-09-22 21:36:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

695

木虫 (职业作家)

在线设计软件也蛮好的
6楼2009-09-23 00:28:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bioxixi

木虫 (著名写手)

没有扩过这么长的,觉得引物可能不是问题,酶能扩这么长吗?会不会有很多错配。。。
不知道楼主做什么用途,可以一段一段扩,再拼接
7楼2009-09-23 08:52:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨后郁金香

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by bioxixi at 2009-9-23 08:52:
没有扩过这么长的,觉得引物可能不是问题,酶能扩这么长吗?会不会有很多错配。。。
不知道楼主做什么用途,可以一段一段扩,再拼接

恩,是想做该基因的同源重组的,本来是想克隆到该基因的5端跟3端的一段同源臂,可是PCR的时候有很多的非特异性条带,现在是想验证下我的材料中到底有没有含有这个基因,所以需要设计引物看看能否P出这个基因的全长。。。
8楼2009-09-23 09:25:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

經天

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
你是不是没有限制产物的长度啊,12kb的不可能有30000个可能的pr的,建议改一下下面的产物长度再试一试,还有就是这么长的产物,普通的taq是不行的,要购买长产物Taq(LTaq)
预祝实验成功。。。
一种与世无争的上进,内在的坚毅和质朴无华的大度!【穷吾一生而追求之!】
9楼2009-09-23 14:22:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

雨后郁金香

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 經天 at 2009-9-23 14:22:
你是不是没有限制产物的长度啊,12kb的不可能有30000个可能的pr的,建议改一下下面的产物长度再试一试,还有就是这么长的产物,普通的taq是不行的,要购买长产物Taq(LTaq)
预祝实验成功。。。

谢谢,导师要求最好产物的长度是在2~5KB的。。。
10楼2009-09-23 20:03:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 雨后郁金香 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 07化学280分求调剂 +4 722865 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:01 by chixmc
[考研] 299求调剂 +5 某某某某位 2026-03-21 5/250 2026-03-23 23:36 by 热情沙漠
[考研] 一志愿河北工业大学0817化工278分求调剂 +7 jhybd 2026-03-23 11/550 2026-03-23 23:29 by 呆呆师姐
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +17 chaojifeixia 2026-03-19 19/950 2026-03-23 23:26 by 呆呆师姐
[考研] 361求调剂 +3 Glack 2026-03-22 3/150 2026-03-23 22:03 by fuyu_
[考研] 一志愿南航材料专317分求调剂 +3 炸呀炸呀炸薯条 2026-03-23 3/150 2026-03-23 20:47 by pswait
[考研] 一志愿武理材料工程348求调剂 +6  ̄^ ̄゜汗 2026-03-19 9/450 2026-03-23 19:53 by pswait
[考研] 0703化学求调剂 +4 奶油草莓. 2026-03-22 5/250 2026-03-23 19:37 by pswait
[考研] 招08考数学 +6 laoshidan 2026-03-20 14/700 2026-03-23 14:37 by 15614359529
[考研] 289材料与化工(085600)B区求调剂 +3 这么名字咋样 2026-03-22 4/200 2026-03-22 17:56 by 云民大李老师
[考研] 一志愿中南化学(0703)总分337求调剂 +9 niko- 2026-03-19 10/500 2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 265求调剂 +3 Jack?k?y 2026-03-17 3/150 2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 317求调剂 +5 申子申申 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:26 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 261求B区调剂,科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂(0854都可以) +4 xbxudjdn 2026-03-18 4/200 2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 【同济软件】软件(085405)考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
信息提示
请填处理意见