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雨后郁金香

金虫 (小有名气)

[交流] 关于大片段基因的引物设计

本人现在需要设计一个基因的引物,基因有12000多bp,现需设计一对引物,要求PCR产物的大小为2KB~5KB,将该基因的12000多bp序列导入Primer 后,会弹出个对话框,写着:“more than 30000 possible primers. Optimal primers search will be exceedingly time consuming.Please reduce anti-sense primer search range。”想请问各位有什么更好的设计引物的方法来获得该基因啊??  谢谢达人。。。
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changes

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
调整下引物长度范围,默认一般为20~2,你调整下试试。
5楼2009-09-22 21:36:46
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菊花茶

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 9-22 20:23
30000多,都能扩出你的产物吗?
要看你的产物在哪一段,然后用primer5设计,应该不困难,先选择前后primer在哪个范围最合适,再根据Tm值,GC含量,二聚体,错配等进行编辑取舍
2楼2009-09-22 20:12:43
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雨后郁金香

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by 菊花茶 at 2009-9-22 20:12:
30000多,都能扩出你的产物吗?
要看你的产物在哪一段,然后用primer5设计,应该不困难,先选择前后primer在哪个范围最合适,再根据Tm值,GC含量,二聚体,错配等进行编辑取舍

是啊,关键是那所谓的30000多个的分值都很低,而且二聚体啦,错配啦什么的都有,值还很大。。。。唉,有点犯难,不知道该如何设计。。。。
3楼2009-09-22 20:53:35
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gastrodia

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
剪掉一部分序列再设计引物即可

[ Last edited by gastrodia on 2009-9-22 at 21:00 ]
4楼2009-09-22 20:58:39
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