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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于大片段基因的引物设计
汕头大学海洋科学接受调剂
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雨后郁金香

金虫 (小有名气)

[交流] 关于大片段基因的引物设计

本人现在需要设计一个基因的引物，基因有12000多bp,现需设计一对引物，要求PCR产物的大小为2KB~5KB，将该基因的12000多bp序列导入Primer 后，会弹出个对话框，写着：“more than 30000 possible primers. Optimal primers search will be exceedingly time consuming.Please reduce anti-sense primer search range。”想请问各位有什么更好的设计引物的方法来获得该基因啊？？  谢谢达人。。。
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1楼 2009-09-22 19:57:55
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zhuifeng7000

至尊木虫 (著名写手)
这么长的序列，就通过一次PCR、设计一对引物是不可能拉出来的吧？再说就算是拉出来了，按照Taq 千分之2~3的错配率，会有24-36个错配......
建议设计3-4对引物，分别拉，再把各个片段连起来。
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11楼2009-09-23 22:39:08
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菊花茶

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
amisking(金币+3,VIP+0): 9-22 20:23
30000多，都能扩出你的产物吗？
要看你的产物在哪一段，然后用primer5设计，应该不困难，先选择前后primer在哪个范围最合适，再根据Tm值，GC含量，二聚体，错配等进行编辑取舍
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2楼2009-09-22 20:12:43
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雨后郁金香

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 菊花茶 at 2009-9-22 20:12:
30000多，都能扩出你的产物吗？
要看你的产物在哪一段，然后用primer5设计，应该不困难，先选择前后primer在哪个范围最合适，再根据Tm值，GC含量，二聚体，错配等进行编辑取舍

是啊，关键是那所谓的30000多个的分值都很低，而且二聚体啦，错配啦什么的都有，值还很大。。。。唉，有点犯难，不知道该如何设计。。。。
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3楼2009-09-22 20:53:35
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gastrodia

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
剪掉一部分序列再设计引物即可

[ Last edited by gastrodia on 2009-9-22 at 21:00 ]
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4楼2009-09-22 20:58:39
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