应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】急！关于分子对接的蛋白质模型和测定蛋白质活性位点的方法
121/2返回列表12下一页
查看: 1083  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 一步一步 的 4 个金币

一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】急！关于分子对接的蛋白质模型和测定蛋白质活性位点的方法

各位高手我想请教一下：

（1）通过蛋白质同源建模得到的蛋白质三维结构可不可以用来做分子对接啊？

（2）我找到的只是蛋白质的3D模型，没有它和配体的复合物。除了看文献来确定它的活性位点外，还有没有其他的方法来确定蛋白质的活性为点啊？？有的话能不能具体给我讲讲。


不胜感激！！！！！！！！！！！！！！！！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:59 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2009-09-21 08:53:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 9-22 08:43
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-22 08:48
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):佩服！精辟！！没有废话！！！ 9-22 09:45
(1) 可以
(2) 软件/网站/经验/实验
赞一下(22人) 回复此楼
2楼2009-09-21 09:20:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-9-21 09:20:
(1) 可以
(2) 软件/网站/经验/实验

佩服！精辟！！没有废话！！！
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-09-21 22:30:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-9-21 09:20:
(1) 可以
(2) 软件/网站/经验/实验

谢谢高手！我还有个问题：我用的软件是Sybyl，我想知道怎样用它来找蛋白质的活性位点和口袋？？
赞一下 回复此楼
4楼2009-09-22 08:46:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-23 09:09
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 17:33
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2009-9-22 08:46:


谢谢高手！我还有个问题：我用的软件是Sybyl，我想知道怎样用它来找蛋白质的活性位点和口袋？？

SiteID
回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-09-22 22:22:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-23 13:45
一步一步(金币+2,VIP+0): 9-24 08:17
可靠的建模当然可以用来做对接.
第二个问题,SYBYL中在定义位点的时候有个automatic,可以自己寻找可能的活性位点,不过奉劝不要信任,它多半只会找腔袋最大的那个.
如果知道位点的大概位置,可以自己在屏幕上选择一定范围内的残基定义活性位点.
楼主可以试下AUTODOCK,它的blind dock可以给出几组可能的活性位点,还不错.
赞一下(11人) 回复此楼
6楼2009-09-23 12:40:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by winterose_ at 2009-9-23 12:40:
可靠的建模当然可以用来做对接.
第二个问题,SYBYL中在定义位点的时候有个automatic,可以自己寻找可能的活性位点,不过奉劝不要信任,它多半只会找腔袋最大的那个.
如果知道位点的大概位置,可以自己在屏幕上选择一 ...

高手，我想问一下，怎么在屏幕上选择已知位点的位置？？需要哪个命令执行？？谢谢帮忙！！！
赞一下 回复此楼
7楼2009-09-25 08:50:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-26 09:08
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 17:33
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2009-9-25 08:50:


高手，我想问一下，怎么在屏幕上选择已知位点的位置？？需要哪个命令执行？？谢谢帮忙！！！

低手，用鼠标点屏幕上你感兴趣的位点位置，是什么氨基酸，第几位等，不用什么复杂的操作，不用谢。
赞一下(10人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-09-26 07:04:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-26 07:04:

低手，用鼠标点屏幕上你感兴趣的位点位置，是什么氨基酸，第几位等，不用什么复杂的操作，不用谢。

恩？？鼠标左键不能选，右键只能用来旋转蛋白质三维模型。我怎么点也点不上去啊。。。。
赞一下 回复此楼
9楼2009-09-26 09:08:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-27 08:31
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-27 11:52
InsightII用鼠标直接点击氨基酸，下面命令行会显示的。

SYBYL用Label，然后选择substructure，就会显示了。
赞一下(11人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
10楼2009-09-26 21:08:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 一步一步 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +4 脱颖而出 2026-03-16 10/500 2026-03-18 20:59 by 脱颖而出
[考研] 344求调剂 +6 knight344 2026-03-16 7/350 2026-03-18 20:13 by walc
[考研] 070300化学319求调剂 +6 锦鲤0909 2026-03-17 6/300 2026-03-18 13:22 by Iveryant
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
[考研] 285化工学硕求调剂（081700） +9 柴郡猫_ 2026-03-12 9/450 2026-03-17 10:18 by Sammy2
[考研] 考研调剂 +3 淇ya_~ 2026-03-17 5/250 2026-03-17 09:25 by Winj1e
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 机械专硕325，寻找调剂院校 +3 y9999 2026-03-15 5/250 2026-03-16 19:58 by y9999
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 一志愿华中师范071000，325求调剂 +6 RuitingC 2026-03-12 6/300 2026-03-16 14:50 by 可淡不可忘
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 材料与化工（0856）304求B区调剂 +6 邱gl 2026-03-12 7/350 2026-03-13 23:24 by 邱gl
[考研] 304求调剂 +6 Mochaaaa 2026-03-12 7/350 2026-03-13 22:18 by 星空星月
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:30 by 求调剂zz
[考研] 289求调剂 +3 李政莹 2026-03-12 3/150 2026-03-13 11:02 by 求调剂zz
[考研] 0817化学工程与技术考研312分调剂 +3 T123 tt 2026-03-12 3/150 2026-03-13 10:49 by houyaoxu
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭