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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】急！关于分子对接的蛋白质模型和测定蛋白质活性位点的方法
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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】急！关于分子对接的蛋白质模型和测定蛋白质活性位点的方法

各位高手我想请教一下：

（1）通过蛋白质同源建模得到的蛋白质三维结构可不可以用来做分子对接啊？

（2）我找到的只是蛋白质的3D模型，没有它和配体的复合物。除了看文献来确定它的活性位点外，还有没有其他的方法来确定蛋白质的活性为点啊？？有的话能不能具体给我讲讲。


不胜感激！！！！！！！！！！！！！！！！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:59 ]
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1楼 2009-09-21 08:53:25
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 9-22 08:43
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-22 08:48
yjcmwgk(金币+1,VIP+0):佩服！精辟！！没有废话！！！ 9-22 09:45
(1) 可以
(2) 软件/网站/经验/实验
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2楼2009-09-21 09:20:54
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-9-21 09:20:
(1) 可以
(2) 软件/网站/经验/实验

佩服！精辟！！没有废话！！！
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2009-09-21 22:30:07
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by yalefield at 2009-9-21 09:20:
(1) 可以
(2) 软件/网站/经验/实验

谢谢高手！我还有个问题：我用的软件是Sybyl，我想知道怎样用它来找蛋白质的活性位点和口袋？？
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4楼2009-09-22 08:46:58
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-23 09:09
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 17:33
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2009-9-22 08:46:


谢谢高手！我还有个问题：我用的软件是Sybyl，我想知道怎样用它来找蛋白质的活性位点和口袋？？

SiteID
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
5楼2009-09-22 22:22:06
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winterose_

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-23 13:45
一步一步(金币+2,VIP+0): 9-24 08:17
可靠的建模当然可以用来做对接.
第二个问题,SYBYL中在定义位点的时候有个automatic,可以自己寻找可能的活性位点,不过奉劝不要信任,它多半只会找腔袋最大的那个.
如果知道位点的大概位置,可以自己在屏幕上选择一定范围内的残基定义活性位点.
楼主可以试下AUTODOCK,它的blind dock可以给出几组可能的活性位点,还不错.
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6楼2009-09-23 12:40:20
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by winterose_ at 2009-9-23 12:40:
可靠的建模当然可以用来做对接.
第二个问题,SYBYL中在定义位点的时候有个automatic,可以自己寻找可能的活性位点,不过奉劝不要信任,它多半只会找腔袋最大的那个.
如果知道位点的大概位置,可以自己在屏幕上选择一 ...

高手，我想问一下，怎么在屏幕上选择已知位点的位置？？需要哪个命令执行？？谢谢帮忙！！！
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7楼2009-09-25 08:50:42
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-26 09:08
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 10-9 17:33
引用回帖:
Originally posted by 一步一步 at 2009-9-25 08:50:


高手，我想问一下，怎么在屏幕上选择已知位点的位置？？需要哪个命令执行？？谢谢帮忙！！！

低手，用鼠标点屏幕上你感兴趣的位点位置，是什么氨基酸，第几位等，不用什么复杂的操作，不用谢。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2009-09-26 07:04:38
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2009-9-26 07:04:

低手，用鼠标点屏幕上你感兴趣的位点位置，是什么氨基酸，第几位等，不用什么复杂的操作，不用谢。

恩？？鼠标左键不能选，右键只能用来旋转蛋白质三维模型。我怎么点也点不上去啊。。。。
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9楼2009-09-26 09:08:09
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
一步一步(金币+1,VIP+0): 9-27 08:31
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-27 11:52
InsightII用鼠标直接点击氨基酸，下面命令行会显示的。

SYBYL用Label，然后选择substructure，就会显示了。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
10楼2009-09-26 21:08:25
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