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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】急!关于分子对接的蛋白质模型和测定蛋白质活性位点的方法

各位高手我想请教一下:

(1)通过蛋白质同源建模得到的蛋白质三维结构可不可以用来做分子对接啊?

(2)我找到的只是蛋白质的3D模型,没有它和配体的复合物。除了看文献来确定它的活性位点外,还有没有其他的方法来确定蛋白质的活性为点啊??有的话能不能具体给我讲讲。


不胜感激!!!!!!!!!!!!!!!!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 20:59 ]
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winterose_

铜虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-23 13:45
一步一步(金币+2,VIP+0): 9-24 08:17
可靠的建模当然可以用来做对接.
第二个问题,SYBYL中在定义位点的时候有个automatic,可以自己寻找可能的活性位点,不过奉劝不要信任,它多半只会找腔袋最大的那个.
如果知道位点的大概位置,可以自己在屏幕上选择一定范围内的残基定义活性位点.
楼主可以试下AUTODOCK,它的blind dock可以给出几组可能的活性位点,还不错.
6楼2009-09-23 12:40:20
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