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木虫 (职业作家)

[交流] 弱弱的分子生物学问题~~~~

最近遇到了两个小问题,挺起勇气在这里弱弱的和大家交流两个问题:

1。假如单引物能在PCR中扩出带来,而这个引物与已知模板序列BLAST没有结合位点,且不加模板的空白对照也无条带产生,你最先想到的可能原因是什么?该引物污染?退火温度过低?还有其他原因吗?

2. 假使某单引物能P出一条带,而且带型清晰,我能用该引物直接进行测序吗?若不能原因可能又是什么呢?

多谢了,本人基础不是很好,还望高手们轻拍!多谢大家了!
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yxhan7113

金虫 (小有名气)

第一个问题两种可能,引物被污染——换新的;因为特异性不好——梯度PCR选择合适的退火温度。
单引物P出清晰条带还是特异性不好的问题,用来测序结果没有参考意义
8楼2009-09-15 13:30:39
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HDLWH

木虫 (正式写手)

★ ★
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司马诸葛(金币+1,VIP+0):谢谢交流 9-15 10:19
1.引物特异性差,导致非特异性扩增
2.单引物是线性扩增,产物量要小得多(双引物是指数扩增)一般测序都需要提供双引物
2楼2009-09-15 09:59:42
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gastrodia

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
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司马诸葛(金币+2,VIP+0):谢谢交流 9-15 11:15
纠正楼上一下,所有测序都是单引物测序,即使双向测也是正向测一次,反向再测一次,
单引物能扩出条带说明在模板的上下游都存在错配位点,假如Blast查不出问题的话,
按道理说不加模板的对照扩不出条带,说明扩增体系没问题,但也还有另一种可能,举例如下:

原来使用引物做RTPCR时扩出来非特异性条带,比目的条带都亮,且大,送去测序才知道是DNA污染导致的,做反转录的之前没有用DNA酶处理提取的RNA,后来处理了一下,非特异性条带不见了

[ Last edited by gastrodia on 2009-9-15 at 10:49 ]
3楼2009-09-15 10:41:11
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liganghua

铁杆木虫 (著名写手)

露天使


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
1.引物污染(退火温度Tm可以用公式算出,一般不会有太大问题)
2.应该可以,但确定还要看你的引物、模板是否污染
华露花苑回廊
4楼2009-09-15 11:23:40
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