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柒喜呦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质pdb改写data文件已有1人参与

如题,本人有蛋白质的pdb文件,想使用lammps做模拟,可是改写的data文件(oplsaa)一直出错,有没有大佬可以帮忙改写或者指导一下我的错误有偿
错误大多是运行时出现bond/angle atoms missing

发自小木虫Android客户端
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
做蛋白质模拟,你还是用 NAMD , gromacs 或者 AMBER吧,lammps处理蛋白质分子的拓扑信息很麻烦。

打个比方,兰博基尼跑车很酷跑的很快,但是你要走沙漠,最好骑骆驼;走坑洼山路,最好开越野车。
2楼2022-10-16 15:49:10
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柒喜呦

铁虫 (初入文坛)

内容已删除
3楼2022-10-18 15:12:26
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