应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 蛋白质pdb改写data文件
31/1返回列表
查看: 530  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者柒喜呦将赠送您 10 个金币

柒喜呦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质pdb改写data文件 已有1人参与

如题，本人有蛋白质的pdb文件，想使用lammps做模拟，可是改写的data文件（oplsaa）一直出错，有没有大佬可以帮忙改写或者指导一下我的错误有偿
错误大多是运行时出现bond/angle atoms missing

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2022-10-15 20:32:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做蛋白质模拟，你还是用 NAMD ， gromacs 或者 AMBER吧，lammps处理蛋白质分子的拓扑信息很麻烦。

打个比方，兰博基尼跑车很酷跑的很快，但是你要走沙漠，最好骑骆驼；走坑洼山路，最好开越野车。
赞一下 回复此楼
2楼2022-10-16 15:49:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柒喜呦

铁虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
3楼2022-10-18 15:12:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 柒喜呦 的主题更新
31/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 304求调剂 +5 小熊joy 2026-03-14 5/250 2026-03-14 21:07 by peike
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +6 秋有木北 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:18 by houyaoxu
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 12/600 2026-03-14 17:42 by pyaop2016
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 0703化学求调剂，总分309分，一志愿华南师范 +4 花与叶@ 2026-03-08 4/200 2026-03-14 04:40 by JourneyLucky
[考研] 材料调剂 +5 xxxcm 2026-03-08 8/400 2026-03-14 03:33 by JourneyLucky
[考研] 0703化学求调剂 +5 很老实人 2026-03-09 5/250 2026-03-14 02:57 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-09 6/300 2026-03-14 02:14 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] 285 求调剂 资源与环境 一志愿北京化工大学 +3 未名考生 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:04 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[硕博家园] 深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿） +4 xujiaoszu 2026-03-11 7/350 2026-03-13 17:28 by xujiaoszu
[考研] 270求调剂 085600材料与化工专硕 +3 YXCT 2026-03-11 3/150 2026-03-13 10:13 by houyaoxu
[考研] 化工0817调剂 +8 灿若星晨 2026-03-10 8/400 2026-03-10 22:44 by 星空星月
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
[考研] 294 英二数二物化 求调剂 +6 米饭团不好吃 2026-03-09 6/300 2026-03-09 23:55 by barlinike
[考研] 数二英二309分请求调剂 +3 dtdxzxx 2026-03-09 4/200 2026-03-09 19:56 by yuningshan
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭