应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 蛋白质pdb改写data文件
31/1返回列表
查看: 528  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者柒喜呦将赠送您 10 个金币

柒喜呦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质pdb改写data文件 已有1人参与

如题，本人有蛋白质的pdb文件，想使用lammps做模拟，可是改写的data文件（oplsaa）一直出错，有没有大佬可以帮忙改写或者指导一下我的错误有偿
错误大多是运行时出现bond/angle atoms missing

发自小木虫Android客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2022-10-15 20:32:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做蛋白质模拟，你还是用 NAMD ， gromacs 或者 AMBER吧，lammps处理蛋白质分子的拓扑信息很麻烦。

打个比方，兰博基尼跑车很酷跑的很快，但是你要走沙漠，最好骑骆驼；走坑洼山路，最好开越野车。
赞一下 回复此楼
2楼2022-10-16 15:49:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

柒喜呦

铁虫 (初入文坛)
内容已删除
回复此楼
3楼2022-10-18 15:12:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 柒喜呦 的主题更新
31/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +7 调剂的考研学生 2026-03-09 7/350 2026-03-15 00:58 by 秋有木北
[考研] 290求调剂 +4 @将就将就看 2026-03-10 8/400 2026-03-14 14:23 by 千千运气
[考研] 211本，11408一志愿中科院277分，曾在中科院自动化所实习 +3 Losir 2026-03-12 3/150 2026-03-14 12:11 by 热情沙漠
[考研] 26考研求调剂b区高校 +3 北陌追雪 2026-03-08 4/200 2026-03-14 03:47 by JourneyLucky
[考研] 085600求调剂 +3 a邵星池 2026-03-09 3/150 2026-03-14 01:32 by JourneyLucky
[考研] 265求调剂 +9 小木虫085600 2026-03-09 12/600 2026-03-14 01:11 by JourneyLucky
[考研] 0703求调剂 +7 jtyq001 2026-03-10 7/350 2026-03-14 01:06 by JourneyLucky
[考研] 337一志愿华南理工0805材料求调剂 +7 mysdl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 22:43 by JourneyLucky
[考研] 求材料调剂 085600英一数二总分302 前三科235 精通机器学习 一志愿哈工大 +4 林yaxin 2026-03-12 4/200 2026-03-13 22:04 by 星空星月
[考研] 求b区学校调剂 +3 周56 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:20 by JourneyLucky
[考研] 化学学硕求调剂 +8 努力奋斗112 2026-03-12 9/450 2026-03-13 15:41 by JourneyLucky
[考研] 085600材料与化工 309分请求调剂 +7 dtdxzxx 2026-03-12 8/400 2026-03-13 14:43 by jxchenghu
[考研] 材料专硕274一志愿陕西师范大学求调剂 +4 薛云鹏 2026-03-13 4/200 2026-03-13 10:40 by 学员8dgXkO
[考研] 08食品或轻工求调剂，本科发表3篇sci一区top论文，一志愿南师大食品科学与工程 +3 我是一个兵， 2026-03-10 3/150 2026-03-13 10:21 by Yuyi.
[考研] 081200计算机科学与技术数一英一306求调剂 +3 intankt 2026-03-08 3/150 2026-03-11 10:50 by dandan413
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
[考研] 0817学硕华东区求调剂 +3 30660438 2026-03-08 3/150 2026-03-10 16:55 by Pegasus0429
[考研] 数二英二309分请求调剂 +3 dtdxzxx 2026-03-09 4/200 2026-03-09 19:56 by yuningshan
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-08 3/150 2026-03-08 19:34 by ms629
[教师之家] 交大前校长王树国：现在最先进的科技并不在大学实验室，而是在企业研究院 +4 zju2000 2026-03-08 6/300 2026-03-08 19:15 by zju2000
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭