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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 蛋白质pdb改写data文件
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柒喜呦

铁虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质pdb改写data文件 已有1人参与

如题，本人有蛋白质的pdb文件，想使用lammps做模拟，可是改写的data文件（oplsaa）一直出错，有没有大佬可以帮忙改写或者指导一下我的错误有偿
错误大多是运行时出现bond/angle atoms missing

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1楼 2022-10-15 20:32:08
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
做蛋白质模拟，你还是用 NAMD ， gromacs 或者 AMBER吧，lammps处理蛋白质分子的拓扑信息很麻烦。

打个比方，兰博基尼跑车很酷跑的很快，但是你要走沙漠，最好骑骆驼；走坑洼山路，最好开越野车。
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2楼2022-10-16 15:49:10
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柒喜呦

铁虫 (初入文坛)
内容已删除
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3楼2022-10-18 15:12:26
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