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adolff金虫 (小有名气)
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[交流]
求助在添加cif氢键数据时出现的问题，谢谢！
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我测的一个晶体，在晶体堆积图里可以看到C7上的一个氢原子（H7B）和Br原子之间有氢键作用。我想在cif中添加氢键信息。但我在.ins文件中加入HTAB后，在.lst文件中找不到该氢键的信息。然后我用platon软件中的calc命令查氢键信息，得到下图结果，H7B和Br之间有氢键作用，但又说"No classic hydrogen bonds fond"。不知什么意思。 后来我尝试在cif文件中直接添加该氢键的信息： loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_site_symmetry_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_publ_flag C7 H7B Br 3_465 0.9700 2.9100 3.6012 129 yes 添加后在pubCIF中确实有氢键表生成： Table 1 Hydrogen-bond geometry (Å, °) ———————————————————————————— D—H···A D—H H···A D···A D—H···A C7—H7B···Bri 0.9700 2.9100 3.6012 129 ———————————————————————————— Symmetry codes: (i) −x−1, y+3/2, −z+1/2. 但检查cif文件确出现了A类错误： Alert level A PLAT727_ALERT_1_A D...A Calc 26.051(9), Rep 3.60120 Dev... 22.45 Ang. C7 -BR 1.555 3.465 请问该错误是什么意思，该如何解决呢？ 还有该氢键的symmetry code到底是什么呢？ 为什么在platon中是3465 = -1/2+x, 3/2-y, -z，而在pubCIF中是−x−1, y+3/2, −z+1/2。 请问如果投Acta E之类的文章，这个H键的信息是否一定要加？但好像觉得不加好像也不好，因为在摘要中还提了一下。 本人菜鸟，请教版上各位高手解答，万分感谢！ |
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4楼2009-09-08 12:37:19
etongtong
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