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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 求助在添加cif氢键数据时出现的问题，谢谢！
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adolff

金虫 (初入文坛)

[交流] 求助在添加cif氢键数据时出现的问题，谢谢！

我测的一个晶体，在晶体堆积图里可以看到C7上的一个氢原子（H7B）和Br原子之间有氢键作用。我想在cif中添加氢键信息。但我在.ins文件中加入HTAB后，在.lst文件中找不到该氢键的信息。然后我用platon软件中的calc命令查氢键信息，得到下图结果，H7B和Br之间有氢键作用，但又说"No classic hydrogen bonds fond"。不知什么意思。
后来我尝试在cif文件中直接添加该氢键的信息：
loop_
    _geom_hbond_atom_site_label_D
    _geom_hbond_atom_site_label_H
    _geom_hbond_atom_site_label_A
    _geom_hbond_site_symmetry_A
    _geom_hbond_distance_DH
    _geom_hbond_distance_HA
    _geom_hbond_distance_DA
    _geom_hbond_angle_DHA
    _geom_hbond_publ_flag
    C7 H7B Br 3_465 0.9700 2.9100 3.6012 129 yes
添加后在pubCIF中确实有氢键表生成：

Table 1 Hydrogen-bond geometry (Å, °)
————————————————————————————
D—H···A            D—H         H···A        D···A       D—H···A
C7—H7B···Bri    0.9700      2.9100     3.6012     129
————————————————————————————
Symmetry codes: (i) −x−1, y+3/2, −z+1/2.

但检查cif文件确出现了A类错误：
Alert level A
PLAT727_ALERT_1_A D...A   Calc   26.051(9), Rep     3.60120 Dev...      22.45 Ang.
              C7   -BR      1.555   3.465

请问该错误是什么意思，该如何解决呢？
还有该氢键的symmetry code到底是什么呢？
为什么在platon中是3465 = -1/2+x, 3/2-y, -z，而在pubCIF中是−x−1, y+3/2, −z+1/2。
请问如果投Acta E之类的文章，这个H键的信息是否一定要加？但好像觉得不加好像也不好，因为在摘要中还提了一下。
本人菜鸟，请教版上各位高手解答，万分感谢！
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1楼 2009-09-08 10:52:08
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
adolff(金币+1,VIP+0):谢谢！那请问这个作用应该算什么呢？在堆积图中分子通过该作用连成长链，好像应该说一下。 9-8 11:32
129度,离直角太近了,应当不是氢键.
氢键要接近180为正常的氢键.
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▄︻┻┳═一................................................
2楼2009-09-08 11:23:08
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★
adolff(金币+1,VIP+0):谢谢！ 9-8 14:38
应该也算是一种弱的氢键 或者叫卤键
经典氢键应该是OHO或者OHN之类的 呵呵
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3楼2009-09-08 11:56:48
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gujm516

金虫 (小有名气)
★
adolff(金币+1,VIP+0):谢谢！不过应该怎么改呢？我这个化合物只有一个Br原子啊。 9-8 14:42
1. 如果有意思则可以讨论。

2. 你可以在ins中添加命令
   HTAB   3.5000
试试，可能在lis中会出现对称操作关系的。

3. 这个A类问题与有没有氢键没有直接关系，只是CIF中当前Br的座标与C7...Br氢键关系不匹配，把这个Br的座标变换到有氢键关联的座标即可。
（可在Mercury里选中H-bond框，看C7-H7B...Br，选中这颗Br后查看原子列表，记下这颗Br的座标位置，直接在CIF里改就可以了）
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4楼2009-09-08 12:37:19
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)
★
adolff(金币+1,VIP+0):呵呵，谢谢 9-8 21:43
我重申我的观点,氢键要素:
1 角度大于150
2 距离在2.5以内.
否则没有讨论的意义.
你这角度还讨论氢键, 难听点:这叫母猪上树----折腾死自己了.

[ Last edited by etongtong on 2009-9-8 at 17:50 ]
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▄︻┻┳═一................................................
5楼2009-09-08 17:48:32
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★
adolff(金币+1,VIP+0):谢谢 9-8 21:43
引用回帖:
Originally posted by etongtong at 2009-9-8 17:48:
我重申我的观点,氢键要素:
1 角度大于150
2 距离在2.5以内.
否则没有讨论的意义.
你这角度还讨论氢键, 难听点:这叫母猪上树----折腾死自己了.

[ Last edited by etongtong on 2009-9-8 at 17:50 ]

太偏激，这里分经典氢键和非经典氢键
有时非经典氢键在构筑结构总有重要作用要加上的
可以参看一下xi2004老师前段时间发的关于C-H...O的氢键资料
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
6楼2009-09-08 17:52:10
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hufeilong1982

木虫 (正式写手)
ding
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7楼2009-09-09 07:21:23
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