| 查看: 695 | 回复: 6 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 adolff 的 5 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
adolff金虫 (小有名气)
|
[交流]
求助在添加cif氢键数据时出现的问题，谢谢！
|
||
|
我测的一个晶体，在晶体堆积图里可以看到C7上的一个氢原子（H7B）和Br原子之间有氢键作用。我想在cif中添加氢键信息。但我在.ins文件中加入HTAB后，在.lst文件中找不到该氢键的信息。然后我用platon软件中的calc命令查氢键信息，得到下图结果，H7B和Br之间有氢键作用，但又说"No classic hydrogen bonds fond"。不知什么意思。 后来我尝试在cif文件中直接添加该氢键的信息： loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_hbond_site_symmetry_A _geom_hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_publ_flag C7 H7B Br 3_465 0.9700 2.9100 3.6012 129 yes 添加后在pubCIF中确实有氢键表生成： Table 1 Hydrogen-bond geometry (Å, °) ———————————————————————————— D—H···A D—H H···A D···A D—H···A C7—H7B···Bri 0.9700 2.9100 3.6012 129 ———————————————————————————— Symmetry codes: (i) −x−1, y+3/2, −z+1/2. 但检查cif文件确出现了A类错误： Alert level A PLAT727_ALERT_1_A D...A Calc 26.051(9), Rep 3.60120 Dev... 22.45 Ang. C7 -BR 1.555 3.465 请问该错误是什么意思，该如何解决呢？ 还有该氢键的symmetry code到底是什么呢？ 为什么在platon中是3465 = -1/2+x, 3/2-y, -z，而在pubCIF中是−x−1, y+3/2, −z+1/2。 请问如果投Acta E之类的文章，这个H键的信息是否一定要加？但好像觉得不加好像也不好，因为在摘要中还提了一下。 本人菜鸟，请教版上各位高手解答，万分感谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
【2026 考研调剂】哈尔滨工程大学核科学与技术学院核化工系 招收调剂生
已经有1人回复
-
广州大学环境大分子材料研究所2026年研究生招生简章
已经有0人回复
-
无机化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有126人回复
-
武汉纺织大学技术研究院招收化学、生物、材料、纺织、机械等专业调剂生
已经有0人回复
-
台州学院有序多孔材料团队化学、材料与化工硕士招生，请速联系！
已经有0人回复
-
首都师范大学化学系田洋课题组专硕招调剂生
已经有9人回复
-
广州大学大湾区环境研究院环境大分子材料研究所王平山教授团队 2026年研究生招生简章
已经有0人回复
-
广州大学大湾区环境研究院环境大分子材料研究所王平山教授团队 2026年研究生招生简章
已经有0人回复
-
天津理工大学
已经有0人回复
-
首都师范大学化学系招收2026专硕调剂生
已经有0人回复
huahua1216
至尊木虫 (文坛精英)
- CMEI: 1
- 应助: 173 (高中生)
- 贵宾: 1.712
- 金币: 39220.1
- 散金: 1124
- 红花: 22
- 沙发: 1
- 帖子: 15279
- 在线: 449.5小时
- 虫号: 260203
- 注册: 2006-06-17
- 性别: GG
- 专业: 放射分析
3楼2009-09-08 11:56:48
etongtong
铁杆木虫 (著名写手)
- CMEI: 1
- 应助: 34 (小学生)
- 金币: 10062.7
- 散金: 50
- 红花: 6
- 帖子: 1534
- 在线: 245.6小时
- 虫号: 51564
- 注册: 2004-07-18
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
2楼2009-09-08 11:23:08
4楼2009-09-08 12:37:19
etongtong
铁杆木虫 (著名写手)
- CMEI: 1
- 应助: 34 (小学生)
- 金币: 10062.7
- 散金: 50
- 红花: 6
- 帖子: 1534
- 在线: 245.6小时
- 虫号: 51564
- 注册: 2004-07-18
- 性别: GG
- 专业: 有机合成
5楼2009-09-08 17:48:32
