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flypig1103

[交流] 【求助】Amber中的ptraj?

大家好，本人刚接触Amber，照着它的tutorial做了一下，但是做到trajectory Analysis 的时候遇到问题了，由于我没有运行Script的程序，最后MD跑完得到了6个equi.mdcrd  我看了一下说明好像是用script把这6个压缩成一个binnos 文件 ，然后运行，我疑惑的地方是假如我不需要6个equi.mdcrd ,直接用一个，命令是怎样的？再者在命令：ptraj prmtopptraj.out   
   ptraj.in中的trj.5是怎么由equip.mdcrd 转换的，必须用script吗？

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-25 at 13:50 ]
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1楼 2009-09-03 17:03:40
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+2,VIP+0): 9-4 13:48
请查阅AMBER Tools手册：
Ptraj
一章。
详细讲解了这是怎么回事。
script只不过是把命令集成在一起做了。
你也可以看看里边写了啥。
AMBER可不是一个黑箱。
赞一下(7人) 回复此楼
2楼2009-09-03 18:37:39
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flypig1103

哦，谢谢了哈！
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3楼2009-09-04 10:31:29
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