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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白/酶 » K-Fold或Prorate 预测蛋白折叠速率 问题
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] K-Fold或Prorate 预测蛋白折叠速率 问题 已有1人参与

如题，我的蛋白有A，B两条氨基酸链，用K-Fold或Prorate预测蛋白折叠速率的时候，需要在网页上填写Chain name和Residues。 如果蛋白只有一条链可以直接填A，但是有2个怎么填呢？两个软件的网址：https://folding.biofold.org/k-fold/； https://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~sjn/folding/webserver.html
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1楼 2022-03-10 13:37:56
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人

【答案】应助回帖

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感谢参与，应助指数 +1
稻草人2011: 金币+60, ★★★很有帮助, 多谢专家的指导 2022-03-16 11:15:25
如果晶体结构是同型二聚体或同型多聚体就随便选一个链都行
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2022-03-13 13:09:42
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2022-03-13 13:09:42
如果晶体结构是同型二聚体或同型多聚体就随便选一个链都行

感谢大哥的指点，我的蛋白在uniprot里比如A链是1~100 AA，B链是101~200 AA；但是在蛋白数据库里三维结构信息里虽然显示有A,B两条链，但是A链差不多是1~200, B链也是，难道这种是同型2聚体吗？怎么看它是否是同型2聚体或多聚体呢？
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3楼2022-03-16 11:14:31
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人
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3楼: Originally posted by 稻草人2011 at 2022-03-16 11:14:31
感谢大哥的指点，我的蛋白在uniprot里比如A链是1~100 AA，B链是101~200 AA；但是在蛋白数据库里三维结构信息里虽然显示有A,B两条链，但是A链差不多是1~200, B链也是，难道这种是同型2聚体吗？怎么看它是否是同型2聚 ...

看不懂。。。PDB ID的编号发一下
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4楼2022-03-16 12:45:04
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2022-03-16 12:45:04
看不懂。。。PDB ID的编号发一下...

PDB ID是5i82
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5楼2022-03-16 14:34:34
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fuyuandj86

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己所不欲，勿施于人
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5楼: Originally posted by 稻草人2011 at 2022-03-16 14:34:34
PDB ID是5i82...

是同型二聚体，随便选一个链就行。结构文件里每个链都有500多个氨基酸。
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6楼2022-03-16 14:45:58
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)
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6楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2022-03-16 14:45:58
是同型二聚体，随便选一个链就行。结构文件里每个链都有500多个氨基酸。...

好的，可能uniprot里A，B链是从一级结构的水平来说的，然后PDB里的A，B链是从四级结构来说的, 预测折叠速率需要输入四级结构的链。我可以这样理解吗大哥?
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7楼2022-03-16 17:29:14
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fuyuandj86

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己所不欲，勿施于人
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7楼: Originally posted by 稻草人2011 at 2022-03-16 17:29:14
好的，可能uniprot里A，B链是从一级结构的水平来说的，然后PDB里的A，B链是从四级结构来说的, 预测折叠速率需要输入四级结构的链。我可以这样理解吗大哥?...

一般说“折叠”不包括形成四级结构的过程。
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8楼2022-03-17 21:56:36
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)
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8楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2022-03-17 21:56:36
一般说“折叠”不包括形成四级结构的过程。...

嗯嗯，明白，谢谢大哥！还想请教一下您，为什么uniprot里这个蛋白的A,B链的长度和pdb里该蛋白的A,B链的长度是不一样的呢，uniprot里的A,B链长是指一级结构（氨基酸序列），pdb里的A,B链不是一级结构？
我是蛋白小白，让您见笑了
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9楼2022-03-18 09:29:01
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