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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] K-Fold或Prorate 预测蛋白折叠速率 问题已有1人参与

如题,我的蛋白有A,B两条氨基酸链,用K-Fold或Prorate预测蛋白折叠速率的时候,需要在网页上填写Chain name和Residues。 如果蛋白只有一条链可以直接填A,但是有2个怎么填呢?两个软件的网址:https://folding.biofold.org/k-fold/https://sunflower.kuicr.kyoto-u.ac.jp/~sjn/folding/webserver.html
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

引用回帖:
5楼: Originally posted by 稻草人2011 at 2022-03-16 14:34:34
PDB ID是5i82...

是同型二聚体,随便选一个链就行。结构文件里每个链都有500多个氨基酸。
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
6楼2022-03-16 14:45:58
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
稻草人2011: 金币+60, ★★★很有帮助, 多谢专家的指导 2022-03-16 11:15:25
如果晶体结构是同型二聚体或同型多聚体就随便选一个链都行
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2022-03-13 13:09:42
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稻草人2011

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2022-03-13 13:09:42
如果晶体结构是同型二聚体或同型多聚体就随便选一个链都行

感谢大哥的指点,我的蛋白在uniprot里比如A链是1~100 AA,B链是101~200 AA;但是在蛋白数据库里三维结构信息里虽然显示有A,B两条链,但是A链差不多是1~200, B链也是,难道这种是同型2聚体吗?怎么看它是否是同型2聚体或多聚体呢?
3楼2022-03-16 11:14:31
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲,勿施于人

引用回帖:
3楼: Originally posted by 稻草人2011 at 2022-03-16 11:14:31
感谢大哥的指点,我的蛋白在uniprot里比如A链是1~100 AA,B链是101~200 AA;但是在蛋白数据库里三维结构信息里虽然显示有A,B两条链,但是A链差不多是1~200, B链也是,难道这种是同型2聚体吗?怎么看它是否是同型2聚 ...

看不懂。。。PDB ID的编号发一下
The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
4楼2022-03-16 12:45:04
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