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liuyalihd铜虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】Ewald长程力中Fourier空间形状问题?
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我看某文献1中计算Ewald长程力时,分成实空间和Fourier空间. 实空间中其实还是在截断半径内计算两个粒子之间的作用. Fourier空间是在半球形空间(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)内计算. 但在gromacs4.0.5中,我看了Ewald.c的代码,发现它没有分成实空间和Fourier空间两部分计算.它似乎仅在Fourier空间中计算. 最让我奇怪的是它的Fourier空间不是半球形,而是在半正方体(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)中计算. 请问为何gromacs4.0.5中计算Ewald的Fourier空间形状不是传统的球形呢? gromacs4.0.5中计算Ewald是咋回事?为何没有实空间的计算呢? [ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:29 ] |
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致: yongleli 非常感谢! 1)Ewald求和的范围是在球形区域里的. a)它的实空间计算是在模拟系统自身(周期性边界条件)计算的, 截断半径是L/2. L是模拟系统的边长(假设立方体空间). 这里与球形空间没关系! b)它的Fourier空间计算是对镜像出的多个镜像系统计算,多个镜像组成近似球形空间的. 对某个镜像空间计算的前提是它必须在极限球内,那么才对其做Fourier计算啦! 上述是我看The Art of Molecular Dynamics Simulation得出的.有错误请指正! 2)我看了Computer Simulations of Liquids中的Ewald求和.它给了Fortran程序F22计算Ewald的.可原代码要给UK的人写信,或者从USA上ftp下载(见P343).那个ftp我上不去,请有源代码的发给我,谢谢了! 在页面http://muchong.com/html/200803/729220.html中 lei0736 给出的地址http://www.fs2you.com/files/69a170a6-eddf-11dc-93a7-0014221b798a/我登不上! 我信箱liuyalihd@163.com |
9楼2009-09-05 00:02:34
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