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liuyalihd铜虫 (小有名气)
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【求助】Ewald长程力中Fourier空间形状问题?
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我看某文献1中计算Ewald长程力时,分成实空间和Fourier空间. 实空间中其实还是在截断半径内计算两个粒子之间的作用. Fourier空间是在半球形空间(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)内计算. 但在gromacs4.0.5中,我看了Ewald.c的代码,发现它没有分成实空间和Fourier空间两部分计算.它似乎仅在Fourier空间中计算. 最让我奇怪的是它的Fourier空间不是半球形,而是在半正方体(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)中计算. 请问为何gromacs4.0.5中计算Ewald的Fourier空间形状不是传统的球形呢? gromacs4.0.5中计算Ewald是咋回事?为何没有实空间的计算呢? [ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:29 ] |
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请问: yongleli 因为我看code中有三个嵌套for循环 (分别是 nz : z轴0到5, ny: y轴从-5到5, nx: x轴从-5到5), 内有个条件判断,镜像空间与真实空间之间距离要小于25. 这也就近似相当于从真实模拟空间开始向外(这个外是指无穷无尽的镜像)扩展,x轴(y轴)正负各镜像5份,z轴仅仅往正方向镜像5份(这是为了计算量减半),对这些镜像出来的空间计算Fourier. 关键是代码中有个if语句,判断这个镜像空间与真实空间(真实空间为0,0,0)的距离小于25才真正做计算.这不就是相当于在真实空间外镜像出近似半球形的空间做计算吗? 我把代码写在下面: 请多指教! 计算三角函数并做成表; for (nz = 0; nz <= 5; nz ++) { for (ny = - 5; ny <= 5; ny ++) { for (nx = - 5; nx <= 5; nx ++) { len=nx*nx+ny*ny+nz*nz; if (len > 5*5 ) continue; 查表,并逐个粒子计算Fourier; } } } |
5楼2009-09-02 22:02:00
