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liuyalihd铜虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】Ewald长程力中Fourier空间形状问题?
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我看某文献1中计算Ewald长程力时,分成实空间和Fourier空间. 实空间中其实还是在截断半径内计算两个粒子之间的作用. Fourier空间是在半球形空间(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)内计算. 但在gromacs4.0.5中,我看了Ewald.c的代码,发现它没有分成实空间和Fourier空间两部分计算.它似乎仅在Fourier空间中计算. 最让我奇怪的是它的Fourier空间不是半球形,而是在半正方体(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)中计算. 请问为何gromacs4.0.5中计算Ewald的Fourier空间形状不是传统的球形呢? gromacs4.0.5中计算Ewald是咋回事?为何没有实空间的计算呢? [ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:29 ] |
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我又看了一下理论， 在Computer Simulations of Liquids里，pp. 157, Ewald求和的范围是在球形区域里的。并不是说福利叶变换是把实空间变成了球形空间。 我编的Ewald求和用的是pp.159页的公式，Gromacs没看过，应该跟书里那个公式差不多吧。建议最好看看原始文献。有一本中文书里详细解释了这个理论和算法。 黄昆，Max Born，晶格动力学，北大版。 很老的书了，但是近年出了新版。 |
8楼2009-09-04 22:43:26
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