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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】Ewald长程力中Fourier空间形状问题?
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liuyalihd

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】Ewald长程力中Fourier空间形状问题?

我看某文献1中计算Ewald长程力时,分成实空间和Fourier空间.
实空间中其实还是在截断半径内计算两个粒子之间的作用. Fourier空间是在半球形空间(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)内计算.

但在gromacs4.0.5中,我看了Ewald.c的代码,发现它没有分成实空间和Fourier空间两部分计算.它似乎仅在Fourier空间中计算.
最让我奇怪的是它的Fourier空间不是半球形,而是在半正方体(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)中计算.

请问为何gromacs4.0.5中计算Ewald的Fourier空间形状不是传统的球形呢?
gromacs4.0.5中计算Ewald是咋回事?为何没有实空间的计算呢?

[ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:29 ]
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1楼 2009-09-01 20:34:38
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
yjcmwgk(金币+3,VIP+0):感谢您的真知灼见。管理层决定：授予您2010年炸药奖 9-5 09:56
我又看了一下理论， 在Computer Simulations of Liquids里，pp. 157, Ewald求和的范围是在球形区域里的。并不是说福利叶变换是把实空间变成了球形空间。

我编的Ewald求和用的是pp.159页的公式，Gromacs没看过，应该跟书里那个公式差不多吧。建议最好看看原始文献。有一本中文书里详细解释了这个理论和算法。

黄昆，Max Born，晶格动力学，北大版。

很老的书了，但是近年出了新版。
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8楼2009-09-04 22:43:26
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
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yjcmwgk(金币+2,VIP+0):感谢交流! 9-2 09:20
gmx 为保证速度使用了大量的数学和编程技巧，如此一来就失去了可读性
你再仔细看看，可能有你没有注意到的地方

仅作参考，我功力没你深，还没有到阅读源代码的级别
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2楼2009-09-01 20:52:07
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liuyalihd

铜虫 (小有名气)
谢谢bay__gulf

很惭愧, 我是写code的, 不太懂MD.
我想问从理论上说, Fourier空间应该是球形的吧! 我没理解错吧?
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3楼2009-09-01 22:22:09
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 9-2 16:11
没听说过fouirer空间是球形的。。。
Ewald求和涉及一个正格空间到倒格空间的变换。
这两个空间只是单位向量不同，
一个是\vec{a}_i，i=1,2,3
一个是\vec{b}_i=2\pi\vec{a}_{j}\vec{a}_{k}/\vec{a}_i\dot\vec{a}_j\cross\vec{a}_k; i=1,2,3

所以倒空间对称性随正空间特征而定。
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4楼2009-09-02 15:01:01
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