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liuyalihd铜虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】Ewald长程力中Fourier空间形状问题?
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我看某文献1中计算Ewald长程力时,分成实空间和Fourier空间. 实空间中其实还是在截断半径内计算两个粒子之间的作用. Fourier空间是在半球形空间(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)内计算. 但在gromacs4.0.5中,我看了Ewald.c的代码,发现它没有分成实空间和Fourier空间两部分计算.它似乎仅在Fourier空间中计算. 最让我奇怪的是它的Fourier空间不是半球形,而是在半正方体(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)中计算. 请问为何gromacs4.0.5中计算Ewald的Fourier空间形状不是传统的球形呢? gromacs4.0.5中计算Ewald是咋回事?为何没有实空间的计算呢? [ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:29 ] |
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致 zixi: 关于您的第一条：非常感谢，我再找找real空间的计算。 关于您的第二条： 1）原理部分： 前面是我没有讲清楚。球形空间是Ewald求和法的周期作用区域，这在很多书中都提到了（如：分子模拟-陈正隆，9.2节 图9-5）。 2）代码部分：另外，我给出的代码不是gromacs的。但是我看在gromacs的ewald.c（src/mdlib/ewald.c）中有函数do_ewald()，我看代码非常像是计算Ewald中的Fourier计算。但是它没有if判断镜像是否在球形空间中，我认为应该是球形才计算，在正方体空间计算不符合原理呀！？ 3）正方体空间与球形空间相比，去掉if语句的开销不提，球形空间减少了一半的计算量。 |
7楼2009-09-04 12:37:02
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2楼2009-09-01 20:52:07
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4楼2009-09-02 15:01:01