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liuyalihd铜虫 (小有名气)
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[交流]
【求助】Ewald长程力中Fourier空间形状问题?
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我看某文献1中计算Ewald长程力时,分成实空间和Fourier空间. 实空间中其实还是在截断半径内计算两个粒子之间的作用. Fourier空间是在半球形空间(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)内计算. 但在gromacs4.0.5中,我看了Ewald.c的代码,发现它没有分成实空间和Fourier空间两部分计算.它似乎仅在Fourier空间中计算. 最让我奇怪的是它的Fourier空间不是半球形,而是在半正方体(z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx)中计算. 请问为何gromacs4.0.5中计算Ewald的Fourier空间形状不是传统的球形呢? gromacs4.0.5中计算Ewald是咋回事?为何没有实空间的计算呢? [ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:29 ] |
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没读过gromacs的代码，不过感觉是不是这样的，你可以读一下代码求证。 1 : 关于只有Ewald空间的部分 一般将Ewald求和分成Real空间和Ewald空间，感觉这样的好处是，如果需要对长程力做截断处理而不做Ewald求和，那么只要取Ewald的Real空间部分，并取高斯分布电荷的参数alpha为0，就可以了，不需要另外写代码。如果需要Ewald求和，那么直接在Real空间上添加上Ewald空间的能量值就可以了。这样增加的代码的重用性。Real空间的求和可能在其他文件里面，你仔细找找。 2. Ewald空间使用半正方形 我看你描述的k值的半正方形和半球形的取值范围没有多大区别嘛？！都是z轴0到nz, y轴从-ny到ny, x轴从-nx到nx。 既然Ewald空间的求和随着k值的增加迅速收敛的，那么我只要取足够大的k值，使其包含所必需的球形空间，所得的结果差别多少呢？ 而且实际操作起来，正方形空间比球形空见更容易处理，为什么不用正方形空间呢？ |
6楼2009-09-04 02:30:07
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4楼2009-09-02 15:01:01