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木有昵称我

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问用AutoDock Vina做金属配合物的分子对接怎么做 已有1人参与

各位大佬,请问:
(1)AutoDock Vina 做金属配合物分子对接怎么做
(2)我利用的是晶体的CIF文件进行对接,金属离子是Cu,怎么给金属修正电荷呢?
(3)如果是自己绘制金属配合物的结构,该怎样对金属部分进行操作呢?

@smutao 发自小木虫IOS客户端
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...WXX...

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 呼呼~~ at 2022-10-09 17:40:36
不知道您的问题解决了没有,最近我也在做这方面的东西,有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu,手动添加电荷。可以参考这篇文章,是以格列卫为例进行分子对接的,我感觉很棒:https://www.nature.com/articles/npr ...

看了文献没看懂怎么添加电荷 方便请教您一下吗
3楼2025-09-22 22:49:43
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查看全部 4 个回答

呼呼~~

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不知道您的问题解决了没有,最近我也在做这方面的东西,有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu,手动添加电荷。可以参考这篇文章,是以格列卫为例进行分子对接的,我感觉很棒:https://www.nature.com/articles/nprot.2016.051
nevernevernevergiveup
2楼2022-10-09 17:40:36
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薛定谔软件

新虫 (初入文坛)

美国薛定谔软件经销商,电话微信15503471985,欢迎关注,欢迎联系。
4楼2025-10-18 00:20:46
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