应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请问用AutoDock Vina做金属配合物的分子对接怎么做
41/1返回列表
查看: 2197  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者木有昵称我将赠送您 5 个金币

木有昵称我

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问用AutoDock Vina做金属配合物的分子对接怎么做 已有1人参与

各位大佬，请问：
（1）AutoDock Vina 做金属配合物分子对接怎么做
（2）我利用的是晶体的CIF文件进行对接，金属离子是Cu，怎么给金属修正电荷呢？
（3）如果是自己绘制金属配合物的结构，该怎样对金属部分进行操作呢？

@smutao 发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2022-02-21 08:29:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

呼呼~~

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不知道您的问题解决了没有，最近我也在做这方面的东西，有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu，手动添加电荷。可以参考这篇文章，是以格列卫为例进行分子对接的，我感觉很棒：https://www.nature.com/articles/nprot.2016.051
赞一下 回复此楼
nevernevernevergiveup
2楼2022-10-09 17:40:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

...WXX...

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 呼呼~~ at 2022-10-09 17:40:36
不知道您的问题解决了没有，最近我也在做这方面的东西，有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu，手动添加电荷。可以参考这篇文章，是以格列卫为例进行分子对接的，我感觉很棒：https://www.nature.com/articles/npr ...

看了文献没看懂怎么添加电荷 方便请教您一下吗
赞一下 回复此楼
3楼2025-09-22 22:49:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

薛定谔软件

新虫 (初入文坛)
可以尝试薛定谔
发自小木虫手机客户端
回复此楼
美国薛定谔软件经销商，电话微信15503471985，欢迎关注，欢迎联系。
4楼2025-10-18 00:20:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 木有昵称我 的主题更新
41/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 环境调剂 +3 晓看天暮看云 2026-03-09 3/150 2026-03-10 00:34 by wdwdoo
[基金申请] 面上项目还需要AI说明吗？ +3 liyundong 2026-03-08 3/150 2026-03-09 22:30 by kingkocxr
[考研] 一志愿郑州大学，学硕，物理化学， 333求调剂 +7 李魔女斗篷 2026-03-04 8/400 2026-03-09 19:58 by L135790
[考研] 310 070300化学求调剂 +4 扑风铃的猫 2026-03-08 5/250 2026-03-09 19:46 by 30660438
[考研] 0703化学 学硕 理工科均可 不区分研究方向 总分279求调剂 +9 1一11 2026-03-03 9/450 2026-03-09 13:51 by macy2011
[考研] 考研调剂，一志愿山东大学材料与化工，328分，政治51 +5 关你西红柿929 2026-03-08 6/300 2026-03-09 13:50 by 新篇章DFSS
[考研] 296求调剂 +4 Xinyu Wu311 2026-03-09 4/200 2026-03-09 11:51 by 勇敢太监王公公
[考研] 一志愿211 材料与化工 280求调剂 +3 Sanity蒋 2026-03-08 3/150 2026-03-09 06:35 by houyaoxu
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-08 3/150 2026-03-08 19:34 by ms629
[考研] 材料工程专硕调剂自荐信，初试323 +4 李白26 2026-03-07 4/200 2026-03-07 21:59 by 星空星月
[考研] 一志愿南京大学资源与环境专业283分求调剂 +8 追云?? 2026-03-04 8/400 2026-03-07 09:23 by 斩魂滴兔子！
[考研] 085701环境工程295求调剂，一志愿A区211 +7 等春来， 2026-03-06 8/400 2026-03-06 22:04 by 星空星月
[考研] 085600材料与化工（高分子）290分求调剂 +9 wengyujian 2026-03-04 9/450 2026-03-06 15:59 by 聪明的大松鼠
[考研] 材料工程调剂 +6 zbcm_zbcm 2026-03-05 6/300 2026-03-06 15:36 by @飒飒飒飒
[考研] 275求调剂 +4 大爆炸难民 2026-03-06 5/250 2026-03-06 09:21 by guoweigw
[考研] 求调剂 +3 泡了个椒 2026-03-04 4/200 2026-03-05 14:37 by 泡了个椒
[考研] 281求调剂 +3 我是小小葱葱 2026-03-03 5/250 2026-03-04 14:23 by kakakapanpan
[考研] 322,求调剂 +3 菜菜爱玩 2026-03-04 3/150 2026-03-04 12:15 by xiongyaxuan
[考研] 281求调剂 +3 Y?l?h 2026-03-04 3/150 2026-03-04 10:51 by 汪！？！
[考研] 化工专硕调剂 +4 利好利好. 2026-03-03 7/350 2026-03-03 21:30 by L135790
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭