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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请问用AutoDock Vina做金属配合物的分子对接怎么做
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木有昵称我

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问用AutoDock Vina做金属配合物的分子对接怎么做 已有1人参与

各位大佬，请问：
（1）AutoDock Vina 做金属配合物分子对接怎么做
（2）我利用的是晶体的CIF文件进行对接，金属离子是Cu，怎么给金属修正电荷呢？
（3）如果是自己绘制金属配合物的结构，该怎样对金属部分进行操作呢？

@smutao 发自小木虫IOS客户端
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1楼 2022-02-21 08:29:48
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呼呼~~

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不知道您的问题解决了没有，最近我也在做这方面的东西，有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu，手动添加电荷。可以参考这篇文章，是以格列卫为例进行分子对接的，我感觉很棒：https://www.nature.com/articles/nprot.2016.051
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nevernevernevergiveup
2楼2022-10-09 17:40:36
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...WXX...

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 呼呼~~ at 2022-10-09 17:40:36
不知道您的问题解决了没有，最近我也在做这方面的东西，有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu，手动添加电荷。可以参考这篇文章，是以格列卫为例进行分子对接的，我感觉很棒：https://www.nature.com/articles/npr ...

看了文献没看懂怎么添加电荷 方便请教您一下吗
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3楼2025-09-22 22:49:43
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薛定谔软件

新虫 (初入文坛)
可以尝试薛定谔
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美国薛定谔软件经销商，电话微信15503471985，欢迎关注，欢迎联系。
4楼2025-10-18 00:20:46
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