应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 请问用AutoDock Vina做金属配合物的分子对接怎么做
41/1返回列表
查看: 2214  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者木有昵称我将赠送您 5 个金币

木有昵称我

新虫 (初入文坛)

[求助] 请问用AutoDock Vina做金属配合物的分子对接怎么做 已有1人参与

各位大佬，请问：
（1）AutoDock Vina 做金属配合物分子对接怎么做
（2）我利用的是晶体的CIF文件进行对接，金属离子是Cu，怎么给金属修正电荷呢？
（3）如果是自己绘制金属配合物的结构，该怎样对金属部分进行操作呢？

@smutao 发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2022-02-21 08:29:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

呼呼~~

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不知道您的问题解决了没有，最近我也在做这方面的东西，有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu，手动添加电荷。可以参考这篇文章，是以格列卫为例进行分子对接的，我感觉很棒：https://www.nature.com/articles/nprot.2016.051
赞一下 回复此楼
nevernevernevergiveup
2楼2022-10-09 17:40:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

...WXX...

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 呼呼~~ at 2022-10-09 17:40:36
不知道您的问题解决了没有，最近我也在做这方面的东西，有一种解决方法是在生成的.pdbqt找到Cu，手动添加电荷。可以参考这篇文章，是以格列卫为例进行分子对接的，我感觉很棒：https://www.nature.com/articles/npr ...

看了文献没看懂怎么添加电荷 方便请教您一下吗
赞一下 回复此楼
3楼2025-09-22 22:49:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

薛定谔软件

新虫 (初入文坛)
可以尝试薛定谔
发自小木虫手机客户端
回复此楼
美国薛定谔软件经销商，电话微信15503471985，欢迎关注，欢迎联系。
4楼2025-10-18 00:20:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 木有昵称我 的主题更新
41/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 工科0856专硕化学工程269能调剂吗 +9 我想读研11 2026-03-10 9/450 2026-03-11 16:42 by 看开一点
[考研] 081200计算机科学与技术数一英一306求调剂 +3 intankt 2026-03-08 3/150 2026-03-11 10:50 by dandan413
[考研] 材料371求调剂 +7 鳄鱼? 2026-03-11 9/450 2026-03-11 10:31 by 木瓜膏
[考研] 083000环境科学与工程调剂 +8 mingmingry 2026-03-09 9/450 2026-03-11 10:23 by 沙漠之狐994
[考研] 085600 材料与化工 295 求调剂 +9 dream…… 2026-03-10 9/450 2026-03-10 22:24 by 剑诗杜康
[考研] 2026考研求调剂-材料类-本科211一志愿985-初试301分 +10 虫友233 2026-03-07 10/500 2026-03-10 17:10 by Demonsssss
[考研] 0817学硕华东区求调剂 +3 30660438 2026-03-08 3/150 2026-03-10 16:55 by Pegasus0429
[考研] 物理学求调剂 +4 sx宋 2026-03-05 4/200 2026-03-10 11:11 by changlu999
[硕博家园] 木虫好像不热闹了，是不是？ +4 偏振片 2026-03-10 4/200 2026-03-10 09:51 by longwave
[考研] 290 材料与化工求调剂 +7 Nebulala 2026-03-08 7/350 2026-03-09 05:21 by houyaoxu
[考研] 求调剂，一志愿华中科大0702，数一英一，293 +4 小罗露一二 2026-03-07 4/200 2026-03-08 16:36 by 星空星月
[考研] 334求调剂 +8 Trying] 2026-03-06 8/400 2026-03-08 14:51 by hmn_wj
[考研] 303求调剂 +8 forgman95 2026-03-05 10/500 2026-03-08 12:41 by 蓝莓都给你
[考研] 材料调剂 +7 ounce. 2026-03-05 15/750 2026-03-08 09:39 by wangjihu
[考研] 化学290求调剂 +3 两颗 西柚 2026-03-07 4/200 2026-03-07 20:55 by macy2011
[考研] 070300化学求调剂292分 +3 打烊eee 2026-03-07 3/150 2026-03-07 20:04 by houyaoxu
[考研] 276求调剂 本科天津工业大学 一志愿北京化工大学0855 +4 路lyh123 2026-03-06 6/300 2026-03-07 11:37 by shdliugang
[考研] 268求调剂 +4 刘合华 2026-03-05 4/200 2026-03-06 11:18 by lature00
[考研] 085600，一志愿郑州大学，280分求调剂 +7 Wuqi725 2026-03-05 7/350 2026-03-06 08:12 by 杨杨杨紫
[考研] 材料调剂 +4 L9370 2026-03-05 4/200 2026-03-05 19:36 by caszguilin
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭