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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 存档旧帖 » 基因克隆测序结果不是目标基因
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Earlyli

新虫 (初入文坛)

[求助] 基因克隆测序结果不是目标基因 已有1人参与

最近在扩增植原体的多个基因，PCR能得到目标条带，但是测序结果总是比对到别的菌，大部分都是枯草芽孢杆菌，单菌落检测也是目标条带，酶用的taq酶，试着换过模板了，还是不行，目前用的模板都是经过16S rRNA基因检测是植原体的，但是其他基因就是克隆不出来，大半年了，快奔溃了，希望有人能给我指点指点，谢谢各位了
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1楼 2022-01-17 10:36:11
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shuaibia6

金虫 (小有名气)
做克隆还有人用taq酶吗？
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2楼2022-01-17 11:24:18
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龙翔桥

新虫 (小有名气)
你的目的基因在genkank中有吗？可以直接下载下来，进行本地双序列比对的。

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3楼2022-01-17 11:36:57
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龙翔桥

新虫 (小有名气)
个人感觉哈，枯草芽孢杆菌的相关序列应该比你的序列在数据库中多很多的。。。

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4楼2022-01-17 11:37:56
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snhajn

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shuaibia6 at 2022-01-17 11:24:18
做克隆还有人用taq酶吗？

不然用啥

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5楼2022-01-17 12:25:54
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龙翔桥

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by snhajn at 2022-01-17 12:25:54
不然用啥
...

我们公司提供高保真kod酶，错配率远低于taq，速度2000bp每分钟。可提供免费2*试用装。

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6楼2022-01-17 13:24:29
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龙翔桥

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by snhajn at 2022-01-17 12:25:54
不然用啥
...

克隆常用pfu和kod。一般认为taq错配率高于前面两个，实验室常用来做菌落菌液鉴定，一般不用来克隆基因。

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7楼2022-01-17 13:26:58
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fengxueren

新虫 (正式写手)
咦，你做啥菌呢

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8楼2022-01-17 14:08:28
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elmanbio

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你先Blast一下你的引物吧，估计枯草芽孢杆菌可以匹配，那这个结果也就是不奇怪了
引物特异性的问题
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9楼2022-01-18 10:22:36
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Earlyli

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by shuaibia6 at 2022-01-17 11:24:18
做克隆还有人用taq酶吗？

请问您平时都用什么酶
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10楼2022-02-16 10:09:43
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