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言宸儿

新虫 (初入文坛)

[求助] CRISPR/Cas9敲除 已有1人参与

利用CRISPR/Cas9敲除某20bp的序列，不仅没敲掉却造成这20不怕序列中几个剪辑发生突变，并造成之后的序列频繁发生点突变是什么情况，有人了解可以赐教吗？

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1楼 2021-09-10 21:07:58
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言宸儿

新虫 (初入文坛)
利用CRISPR/Cas9敲除某20bp的序列，不仅没敲掉却造成这20bp序列中几个碱基发生突变，并造成之后的序列频繁发生点突变是什么情况，有人了解可以赐教吗？
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2楼2021-09-10 21:21:17
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风中你我

银虫 (小有名气)
多做几次，多挑选几个

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3楼2021-09-12 15:28:46
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匿名

用户注销 (小有名气)
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4楼2021-09-13 09:13:13
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言宸儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sxrvd42 at 2021-09-13 09:13:13
描述的有点不清楚，敲掉20bp，是设计的两个靶点吗？这种精确敲除很难吧，要是单靶点一般还是以点突变和小InDEL为主，缺失的情况也有，就是较少，而且恰好是20bp的概率更小

对的，靶向一个基因设计2个sgRNA，也是为了增加knock out的概率。有试过单靶点，但是在线虫内利用co-CRISPR进行敲除，筛选得到的F1代编辑体数量太少。所以更多用双sgRNA敲除。
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5楼2021-09-13 19:08:31
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言宸儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sxrvd42 at 2021-09-13 09:13:13
描述的有点不清楚，敲掉20bp，是设计的两个靶点吗？这种精确敲除很难吧，要是单靶点一般还是以点突变和小InDEL为主，缺失的情况也有，就是较少，而且恰好是20bp的概率更小

感谢回复，您说的很对。但因为文献里写的有利用单靶点产生的缺失或插入有几十bp的，但给的图也有一两个产生几百到几千bp的，所以我们觉得有可能产生较长片段的敲除
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6楼2021-09-13 19:14:04
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言宸儿

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 风中你我 at 2021-09-12 15:28:46
多做几次，多挑选几个

感谢回复~
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7楼2021-09-13 19:15:53
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