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急！硝基上有个氧无序，怎样处理？
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硝基上有个氧无序，怎样处理？ 最好给个具体的模式 我在ins文件加了一下命令 错在哪里 ？帮忙看看 DFIX 1.20 0.01 N8 O5 DFIX 1.20 0.01 N8 O5' ISOR 0.01 O5 O5' PART 1 O5 4 1.053563 0.543781 0.096852 21.000000 0.061830 0.055020 = 0.250080 -0.058290 0.081130 -0.007430 PART 2 O5' 4 1.044802 0.606926 0.076191 -21.000000 2.000000 2.000000 = 2.000000 -1.000000 1.521030 -1.000000 PART 0 refine时出现了以下错误 UNSET FREE VARIABLE FOR ATOM O5 这个错误什么意思？ [ Last edited by 可可5823 on 2009-8-13 at 21:28 ] |
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xi2004
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6楼2009-08-14 10:52:57
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O5'已经飞走了, 你应该设 sadi 0.01 N8 O5 N8 O5' eadp o5 o5' FVAR ??(scale factor) 0.5 PART 1 O5 4 1.053563 0.543781 0.096852 21.000000 0.061830 0.055020 = 0.250080 -0.058290 0.081130 -0.007430 PART 2 O5' 4 1.044802 0.606926 0.076191 -21.000000 0.061830 0.055020 = 0.250080 -0.058290 0.081130 -0.007430 PART 0 你忘记在FVAR一栏加free variable了. |
2楼2009-08-13 22:37:00
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FVAR的含义是什么 那还用设定DFIX 和 ISOR 吗 我再一次refine后出现以下： SADI 0.01 N8 O5 N8 O5' EADP O5 O5' ISOR 0.01 O5 O5' DFIX 1.20 0.01 N8 O5' DFIX 1.20 0.01 N8 O5 FVAR 0.155490 1.004840 PART 1 O5 4 1.053737 0.543609 0.097179 21.000000 0.063190 0.058690 = 0.217240 -0.048950 0.070260 -0.004120 PART 2 O5' 4 1.002289 0.512818 0.091552 -21.000000 0.063190 0.058690 = 0.217240 -0.048950 0.070260 -0.004120 PART 0 我还想再问一下O5和O5’的4 后面的第一个参数为什么是1以上 ，那是什么参数，出了O4其他都为1以下，为什么？ [ Last edited by 可可5823 on 2009-8-14 at 10:46 ] |
3楼2009-08-14 10:38:18
xiaoyang09
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4楼2009-08-14 10:39:15
