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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸杂交 » DNA单链退火形成双链
汕头大学海洋科学接受调剂
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zzzzz347

新虫 (初入文坛)

[交流] DNA单链退火形成双链 已有6人参与

我自己设计了两条完全互补的DNA单链，用纯水稀释，95℃热激5min，室温退火，通过凝胶电泳验证，发现只能形成很少的双链。但是用同样的操作处理文献中的两条单链DNA，是能够成功合成大量的双链的。有没有大佬知道这是什么问题？
自己在网上尝试了几种退火缓冲，也更改过热激温度，但效果不明显，到现在还是只有极少数的双链，大部分序列还是单链，问题到底出在哪里
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1楼 2021-05-28 16:24:21
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你可以问一下合成序列的公司，让他们的销售联系一下技术服务。一般大一点公司都会做这些。
我没做过这个，但是感觉这个要精确控制降温速度吧！降低退火降温速度，试试梯度降温？

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2楼2021-05-30 08:10:05
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BioChen

银虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
短双链退火是一件很容易的事情，随便做都能成功

长链、高GC含量、有复杂二级结构的，延长高温时间、用PCR仪缓慢降温、加DMSO
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3楼2021-05-30 11:15:01
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grm枫

铁虫 (初入文坛)
★
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你设计的片段有自身二聚体产生
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4楼2021-05-31 13:32:30
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仰望守护

银虫 (正式写手)
用Unpack模拟分析一下

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5楼2021-07-17 00:46:38
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lapt

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在一定浓度的含镁离子（2-10mM）的tris缓冲溶液退火即可

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6楼2021-09-16 09:01:57
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zl52

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by BioChen at 2021-05-30 11:15:01
短双链退火是一件很容易的事情，随便做都能成功

长链、高GC含量、有复杂二级结构的，延长高温时间、用PCR仪缓慢降温、加DMSO

我也遇到了这个问题 之前的样品都没事儿  现在重复合成双链 却都是部分合成 也不知道哪里出了问题

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7楼2021-12-24 20:17:17
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